针对商家食品检测出有问题的情况，相关部门会依据《中华人民共和国食品安全法》及相关法律法规，采取一系列全面且严格的处罚措施，以确保食品市场的安全和规范，保护消费者的合法权益。以下是对这些处罚措施的详细解析：
一、行政责任
责令停止生产、销售：一旦食品检测出问题，相关部门会立即要求商家停止该批次或同类产品的生产和销售，防止问题食品继续流入市场，危害消费者健康。
警告、责令改正：对于情节较轻的违法行为，监管部门会给予商家警告，并责令其限期改正问题，如改善生产条件、调整工艺流程、加强质量控制等。
没收违法物品：所有违法违规产出与销售的食品，以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品，均将被没收，以消除违法行为的影响，防止问题食品再次出现。
二、财产罚
罚款：根据违法行为的货值金额，商家将面临相应的罚款。具体罚款金额分档处理，如货值金额不足一万元的，可能处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，则可能处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。这一措施旨在通过经济手段惩罚违法行为，遏制其再次发生。
没收违法所得：商家因违法行为获得的收益，必须全额予以没收，剥夺其不当得利，确保市场公平竞争。
三、资格罚
吊销许可证：对于严重违反食品安全法规的商家，监管部门将吊销其食品生产许可证或食品经营许可证，使其失去从事相关食品生产经营活动的资格，从而有效遏制违法行为。
行业禁入：因食品安全犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的商家或个人，将终身不得从事食品生产经营管理工作，这是对严重违法行为者的严厉制裁，旨在维护食品市场的安全和秩序。
四、刑事责任
生产、销售不符合安全标准的食品罪：对于生产、销售不符合食品安全标准的食品，足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾病的行为，商家或个人将依法追究刑事责任。刑罚根据情节严重程度而定，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
生产、销售有毒、有害食品罪：在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料，或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的行为，将受到更加严厉的刑事处罚，包括长期有期徒刑甚至死刑，并处罚金或没收财产。
五、民事赔偿
商家生产经营问题食品给消费者造成人身损害、财产损失的，应当依法承担民事赔偿责任。赔偿范围可能包括医疗费、护理费、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金以及消费者因购买问题食品所支付的价款等。这一措施旨在确保消费者的合法权益得到充分保障，让商家为其违法行为付出应有的代价。
综上所述，对于商家食品检测出有问题的情况，相关部门将采取全方位、多层次的处罚措施，包括行政责任、财产罚、资格罚、刑事责任以及民事赔偿等。这些处罚措施共同构成了我国食品安全法律体系的重要组成部分，旨在确保食品市场的安全和规范，保护消费者的合法权益不受侵害。