结论：在债权人申请强制执行但法院尚未执行时，经营独资企业自行注销工商登记，债权人仍可采取多种法律措施来维护自身权益，包括但不限于申请变更、追加被执行人，提起股东损害债权人利益责任纠纷诉讼，以及申请企业破产清算等。
分析说明：
申请变更、追加被执行人：
- 法律依据：根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，在执行过程中，如果作为被执行人的个人独资企业不能清偿生效法律文书确定的债务，申请执行人可以申请变更、追加其出资人为被执行人。
- 操作建议：债权人应尽快向法院提交申请，要求变更或追加原独资企业的出资人为被执行人，以便继续执行其财产。
提起股东损害债权人利益责任纠纷诉讼：
- 法律依据：如果独资企业的出资人在注销企业时存在恶意逃避债务、未依法清算等行为，损害了债权人的利益，债权人可以依据《公司法》及相关司法解释，向出资人提起股东损害债权人利益责任纠纷诉讼。
- 操作建议：债权人应收集相关证据，证明出资人在注销企业过程中存在过错或恶意行为，然后向法院提起诉讼，要求出资人承担赔偿责任。
申请企业破产清算：
- 法律依据：如果独资企业已经注销，但出资人未依法清算或清算程序存在瑕疵，导致债权人无法获得清偿，债权人可以依据《企业破产法》的规定，向法院申请对独资企业进行破产清算（尽管企业已注销，但清算程序可能仍需继续或重新进行）。不过，在实际操作中，由于企业已注销，这一途径可能较为复杂且难度较大。
- 替代方案：更实际的操作可能是直接针对出资人提起诉讼或申请执行其财产，而非直接申请企业破产清算。但如果出资人拥有其他企业或资产，且这些企业或资产与已注销的独资企业存在关联或混同，债权人也可以考虑通过破产程序来追索债务。
特殊场景：
- 如果独资企业在注销前已经进行了合法清算，且债权人已经依法申报了债权但未获得清偿，那么债权人可能无法再通过上述途径追索债务。不过，在这种情况下，如果清算程序存在瑕疵或出资人存在过错，债权人仍有可能通过提起诉讼来维护自身权益。
行动建议：
- 债权人应尽快收集相关证据，包括独资企业的工商登记信息、注销文件、出资人的身份信息、债权债务关系证明等。
- 债权人应咨询专业律师，根据具体情况制定合适的法律策略，并尽快向法院提起诉讼或申请执行。
后续思考依据：
- 在处理此类案件时，法院会综合考虑独资企业的注销程序是否合法、出资人是否存在过错或恶意行为、债权人的债权是否合法有效等因素来作出判决。
- 因此，债权人在采取法律行动前应充分了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自身权益。
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