逾期开具发票的违约金计算及判决，需根据合同约定、实际损失及法律规定综合判定，具体如下：

1. 合同有明确约定违约金条款时
   若双方在合同中明确约定了逾期开具发票的违约金计算方式（如按日计算违约金、固定比例违约金等），法院通常会优先适用合同约定。但需注意，若违约金过高或过低，当事人可依据《民法典》第五百八十五条请求法院调整：

   • 违约金过高：若违约金超过实际损失的30%，法院可能酌情调减；
     
   • 违约金过低：若违约金不足以弥补实际损失，法院可能根据损失情况调增。
     示例：合同约定“逾期开具发票，每日按未开具金额的0.1%支付违约金”，若实际损失为5万元，而违约金计算结果为10万元，法院可能将违约金调减至6.5万元（5万×130%）。

2. 合同未约定违约金时
   若合同未约定违约金，但因逾期开具发票导致守约方产生实际损失（如税务罚款、利息损失、交易机会丧失等），守约方可依据《民法典》第五百七十七条要求违约方赔偿实际损失。此时需提供证据证明损失金额，法院将根据证据认定赔偿范围。
   示例：因卖方逾期开具发票，买方被税务机关罚款2万元，且因无法及时抵扣进项税导致多缴纳增值税1万元，法院可能判决卖方赔偿买方实际损失3万元。

3. 混合情形：合同有约定但未明确损失计算方法时
   若合同约定了违约金，但未明确损失计算方法，且违约金不足以弥补实际损失，守约方可同时主张违约金和实际损失赔偿（但需注意避免重复计算）。法院将综合合同约定、实际损失及公平原则进行判决。
   示例：合同约定“逾期开具发票，支付违约金1万元”，但买方因逾期开具发票导致无法按时申报退税，损失5万元。法院可能判决违约方支付违约金1万元，并额外赔偿损失4万元（需扣除已覆盖部分）。

建议：

• 签订合同时，建议明确约定逾期开具发票的违约金计算方式及损失赔偿范围，以减少争议；
  
• 发生纠纷时，及时收集证据（如合同、沟通记录、税务处罚通知等），以便主张权利；
  
• 若对违约金计算或判决有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细分析。