违约金开发票的数额计算需根据违约金的性质及合同约定来确定，具体分为以下两种情况：

1. 违约金与交易价款合并计算的情况
   若违约金与合同主标的（如货物销售、服务提供等）直接相关，且属于价外费用（如逾期付款违约金、赔偿金等），则应将违约金并入交易价款中，按照主合同适用的税率计算增值税。例如：

   • 合同总价款为100万元，约定逾期付款违约金为5万元，且违约金与价款一并支付。此时发票金额应为105万元，税率与主合同一致（如13%的增值税）。
     
   • 法律依据：根据《增值税暂行条例》第六条及《增值税暂行条例实施细则》第十二条，价外费用（包括违约金）需并入销售额计税。

2. 违约金独立于交易价款的情况
   若违约金是因合同解除、违约赔偿等独立原因产生，且与主合同价款无直接关联（如定金罚则、单纯违约赔偿），则需分情况处理：

   • 收取方为销售方/服务方：违约金属于价外费用，需开具与主合同税率一致的发票。例如：买方违约导致合同解除，卖方收取10万元违约金，需按主合同税率（如13%）开具发票。
     
   • 收取方为购买方/接受服务方：若违约金是因卖方违约导致买方损失（如货物质量不合格的赔偿），买方收取的违约金可能属于“赔偿收入”。此时需根据具体业务判断是否需开具发票：
     
     • 若赔偿与主合同无关（如单纯财产损失赔偿），可能无需开具发票，但需留存合同、赔偿协议等证明材料；
       
     • 若赔偿与主合同相关（如退货后的违约金），则需按主合同税率开具红字发票或调整原发票。
       
   • 法律依据：根据《企业所得税法》第六条及《发票管理办法》，收入需依法纳税并开具发票，但具体是否开票需结合业务实质判断。

实务建议：

• 合同中应明确约定违约金的性质（如是否属于价外费用）、计算方式及发票开具义务，避免争议；
  
• 若违约金涉及跨境交易或特殊业务（如金融商品转让），需根据具体税目（如增值税、企业所得税）单独计算税额；
  
• 收取违约金时，建议留存合同、违约事实证明、付款记录等材料，以备税务机关核查。
  

如有具体合同条款或业务场景，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。