您好，关于格式条款的认定部门，这主要涉及到市场监管和合同行政监管的范畴。在我国，工商行政管理部门（现市场监管部门）是主要负责合同格式条款制定和使用的监督部门。

具体来说，市场监管部门会依据相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国消费者权益保护法》等，对合同中的格式条款进行审查和监督。他们会关注格式条款是否公平、合理，是否损害了消费者的合法权益，以及是否违反了法律、法规的规定。

此外，市场监管部门还会组织召开合同格式条款评审会，邀请人大、司法、高校等领域的专家，以及市场监管部门内部的法规、网监、稽查、消协等处室（单位）的相关负责同志一起开展集中评审。这样的评审机制有助于更专业、更规范地认定和处理不公平的格式条款。

如果消费者认为合同中的格式条款违反了相关规定，侵害了其合法权益，他们可以向市场监管部门或者消费者协会提出申诉、投诉或举报。市场监管部门在受理这些申诉、投诉或举报后，会进行调查和处理，以保护消费者的合法权益。

总的来说，格式条款的认定主要由市场监管部门负责，他们会依据相关法律法规和评审机制，对合同中的格式条款进行审查和监督，以确保其公平、合理，不损害消费者的合法权益。希望这个解答能对您有所帮助。