结论：开车撞人治疗3个月后死亡，且该人有先天疾病的情况下，是否会判刑不能一概而论，需要结合具体案情和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、交通肇事罪的构成要件
根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条的规定，交通肇事罪是指违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。构成交通肇事罪，需要满足以下几个要件：
- 违反交通运输管理法规：这是交通肇事罪的前提条件，即行为人必须违反了相关的交通运输管理法规，如超速、酒驾、闯红灯等。
- 发生重大事故：这是交通肇事罪的核心要件，即行为人的违法行为必须导致了重大事故的发生。重大事故通常指的是造成人员重伤、死亡或者公私财产遭受重大损失的事故。
- 因果关系：行为人的违法行为与重大事故之间必须存在因果关系，即重大事故是由行为人的违法行为直接导致的。
二、先天疾病对定罪的影响
在本案中，被撞者有先天疾病，这一因素可能会对定罪产生一定影响，但并非决定性因素。具体来说：
- 如果先天疾病与死亡结果无直接关联：即被撞者的死亡主要是由于交通事故造成的，先天疾病只是其身体状况的一个背景因素，那么先天疾病不会影响交通肇事罪的成立。在这种情况下，行为人仍然可能因构成交通肇事罪而被判刑。
- 如果先天疾病与死亡结果有直接关联：即被撞者的死亡主要是由于其先天疾病导致的，而交通事故只是起到了一个触发或加剧的作用，那么情况就会相对复杂。在这种情况下，需要仔细分析交通事故与死亡结果之间的因果关系，以及行为人的过错程度。如果行为人的过错程度较轻，且交通事故与死亡结果之间的因果关系较弱，那么可能不构成交通肇事罪；但如果行为人的过错程度较重，且交通事故对死亡结果起到了决定性作用，那么仍然可能构成交通肇事罪。
三、其他可能影响定罪的因素
除了先天疾病外，还有其他一些因素可能会影响交通肇事罪的定罪，如：
- 行为人的主观过错程度：如果行为人存在故意或重大过失，如酒驾、超速等，那么其构成交通肇事罪的可能性就会增加。
- 事故的具体情况：如事故发生的地点、时间、天气条件等，都可能对事故的责任划分和定罪产生影响。
- 行为人的事后态度：如行为人是否积极抢救伤者、是否主动承担赔偿责任等，也可能对定罪产生一定影响。
四、法律建议
- 及时报警并保护现场：在发生交通事故后，应立即报警并保护现场，以便警方进行调查和取证。
- 积极配合调查：应积极配合警方的调查工作，如实陈述事故经过和自己的行为情况。
- 咨询专业律师：由于交通肇事罪的定罪和量刑涉及复杂的法律问题和事实认定，因此建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
综上所述，开车撞人治疗3个月后死亡，且该人有先天疾病的情况下，是否会判刑需要结合具体案情和法律规定来综合判断。如果你或你身边的人遇到了类似的情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。