不是同一个村民组的村民之间存在土地争议，是可以申请确权的，但能否确权成功需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
土地权属来源与合同依据：如果争议土地原本就存在明确的权属来源（如承包合同、流转协议等），且合同主体虽跨村民组但合法有效，那么非同一村民组的村民可以依据合同申请确权。例如，甲村民组的村民通过合法流转程序取得了乙村民组某块土地的承包经营权，并签订了书面流转合同，此时该村民有权申请对该土地进行确权登记。
土地管理法规与政策规定：根据《土地管理法》等相关法律法规，土地权属争议应由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对于非同一村民组之间的土地争议，如果符合土地管理法规和政策规定的条件（如土地流转合法、未违反土地用途管制等），政府在调查核实后，可以依法作出确权决定。
历史遗留问题与实际情况：如果争议土地存在历史遗留问题（如权属不清、界限模糊等），或者实际情况较为复杂（如涉及多个权利主体、土地用途变更等），那么确权过程可能会更加复杂和困难。此时，需要综合考虑历史因素、实际情况以及相关法律法规和政策规定，进行综合判断和裁决。