在双方土地使用发生权属争议的情况下，申请确权通常是解决争议的一种有效方式，但并非唯一方式，具体需根据争议情况和相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、申请确权的必要性
明确权属：
- 申请确权可以通过法定程序，由相关部门（如国土资源部门）对土地权属进行调查、核实，并作出确权决定。这有助于明确双方的土地权属，为后续的争议解决提供基础。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地权属争议应当由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。申请确权是人民政府处理土地权属争议的一种重要方式。
避免法律风险：
- 如果双方长期争议不下，且未通过合法途径解决，可能会面临法律风险，如被认定为非法占用土地、侵犯他人土地使用权等。申请确权可以降低这种风险。
二、不申请确权的其他解决方式
协商解决：
- 双方可以通过友好协商，就土地权属问题达成一致意见，并签订书面协议。这种方式成本较低，且有助于维护双方的关系。
调解解决：
- 如果协商不成，双方可以寻求第三方调解，如村民委员会、乡镇人民政府等。调解机构可以协助双方沟通、协商，促成双方达成和解。
诉讼解决：
- 如果协商和调解均无法解决争议，双方可以向人民法院提起诉讼。人民法院将依法审理案件，并作出判决。但诉讼方式成本较高，且可能耗时较长。
三、申请确权的流程与注意事项
申请流程：
- 申请人应当向土地所在地的县级人民政府国土资源行政主管部门提出书面申请，并提交相关证据材料。
- 国土资源行政主管部门将组织调查、核实，并作出确权决定。
注意事项：
- 申请人应当确保提交的证据材料真实、合法、有效。
- 在申请确权过程中，申请人应当积极配合国土资源行政主管部门的调查工作。
- 如果对确权决定不服，申请人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
四、特殊情况下的处理
- 历史遗留问题：对于因历史原因造成的土地权属争议，可能需要结合历史资料、政策文件等进行综合判断。
- 涉及多方利益：如果土地权属争议涉及多方利益，如多个家庭、多个村庄等，可能需要更加复杂的协商、调解或诉讼程序来解决。
建议：在双方土地使用发生权属争议时，首先尝试通过协商或调解解决争议。如果无法达成一致意见，再考虑申请确权或提起诉讼。在处理过程中，务必保持冷静、理性，并遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。