农田承包收益分配的合法性需结合具体分配方式及法律关系判断，按田亩或按股权分配均可能合法，但需满足法定条件。以下分情况说明：

1. 按田亩分配的合法性
   若农田承包收益分配基于家庭承包经营权（即以农户为单位承包集体土地），根据《农村土地承包法》第十七条，承包方享有“依法享有承包地使用、收益的权利”，收益分配通常按承包田亩面积计算。例如：

   • 集体统一经营农田时，收益扣除必要成本后，按农户承包田亩比例分配；
     
   • 农户将承包地流转给他人经营，流转收益（如租金）一般按田亩面积支付。
     合法前提：分配方案需经集体经济组织成员（村民）会议或代表会议民主议定（需2/3以上成员同意），且不得违反法律强制性规定（如剥夺妇女承包权）。

2. 按股权分配的合法性
   若农田承包收益分配基于股份合作制（如集体经济组织改制为股份合作社），根据《民法典》第九十六条及农业部相关政策，收益可按股东持有的股份比例分配。例如：

   • 集体将土地折股量化到成员，成员以股权参与收益分配；
     
   • 农户以土地承包经营权入股合作社，收益按股权比例分配。
     合法前提：
     
   • 股权设置需经民主议定程序，且不得损害成员合法权益；
     
   • 股份合作社需依法登记，分配方案需符合章程约定；
     
   • 不得以少数服从多数为由侵犯成员基本权益（如强制退股）。

关键区别与风险提示：

• 法律关系不同：按田亩分配基于土地承包经营权，按股权分配基于成员权或投资关系；
  
• 程序要求不同：按田亩分配需符合集体决策程序，按股权分配需符合公司法或合作社章程；
  
• 风险点：若未履行民主议定程序，或分配方案显失公平（如剥夺部分成员权益），可能引发纠纷甚至被法院撤销。

建议：
若您涉及农田承包收益分配争议，需结合具体分配方式（田亩/股权）、集体决策程序、合同约定等综合判断合法性。如有疑问，可直接向我提供细节，我将进一步分析。