工程延期导致工程款支付担保费是否合法，需视具体情况及合同约定而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确规定了工程延期时，发包方需承担因延期产生的额外费用，包括但不限于工程款支付担保费，那么在此情况下，工程延期导致的工程款支付担保费是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，双方应遵守合同约定。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定工程延期时需承担工程款支付担保费，那么发包方可能无需承担此项费用。但需注意，如果延期是由于发包方的原因造成的，且该延期导致了承包方产生了额外的担保费用，承包方可能有权根据《民法典》中关于违约责任的规定，要求发包方承担相应的赔偿责任。不过，这并不意味着工程款支付担保费本身合法或非法，而是取决于双方能否就赔偿事宜达成一致，或通过法律途径解决争议。
二、法律规定角度
- 担保费性质：工程款支付担保费通常属于一种风险保障费用，用于确保工程款的按时支付。其合法性并不直接取决于工程是否延期，而是取决于担保合同的合法性以及担保费用的合理性。
- 合法性判断：如果担保合同本身合法有效，且担保费用符合市场行情和合理范围，那么无论工程是否延期，该担保费都是合法的。但如果担保合同存在违法情形（如欺诈、胁迫等），或者担保费用明显过高、不合理，那么该担保费可能被视为非法。
三、实际操作建议
- 审查合同条款：首先，应仔细审查建设工程合同中的相关条款，特别是关于工程延期和费用承担的约定。
- 协商解决：如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方应尝试通过协商解决争议。在协商过程中，可以参考市场行情和合理范围来确定担保费用的承担方式。
- 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议。在此过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、法律规定以及实际情况来综合判断工程款支付担保费的合法性。
总结来说，工程延期导致工程款支付担保费是否合法，需根据合同约定和法律规定来判断。如果合同中有明确约定且担保合同合法有效，那么该担保费是合法的；如果合同中没有约定或约定不明确，且担保合同存在违法情形或担保费用不合理，那么该担保费可能被视为非法。在实际操作中，建议双方先审查合同条款并尝试协商解决争议；如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。