针对您提出的“项目挂靠协议怎么开票合规”的问题，这确实是一个涉及税务合规的重要事项。以下是我根据相关税务法规和政策，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，挂靠行为在税务上的处理需要依据具体的挂靠方式和业务实质来进行。根据《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》及其解读，我们可以将挂靠行为分为两种情况来讨论：
挂靠方以被挂靠方名义开展业务：
- 在这种情况下，挂靠方以被挂靠方的名义向受票方销售货物、提供增值税应税劳务或应税服务。此时，应以被挂靠方为纳税人。
- 被挂靠方作为货物的销售方或应税劳务、应税服务的提供方，需要按照相关规定向受票方开具增值税专用发票。这种开具发票的方式是合规的，受票方也可以据此抵扣进项税额。
挂靠方以自己名义开展业务：
- 如果挂靠方以自己的名义向受票方销售货物、提供增值税应税劳务或应税服务，并且被挂靠方与此项业务无关，那么应以挂靠方为纳税人。
- 在这种情况下，如果被挂靠方向受票方就该项业务开具增值税专用发票，则不符合公告的规定，可能被视为虚开发票。因此，应由挂靠方直接向受票方开具发票。
接下来，结合您的项目挂靠协议，我建议您采取以下措施来确保开票合规：
- 明确挂靠方式和业务实质：在协议中明确挂靠方是以被挂靠方的名义还是自己的名义开展业务，以及双方的权利和义务。
- 遵循税务法规：根据挂靠方式和业务实质，选择正确的纳税人身份，并按照规定开具和接收发票。
- 留存相关资料：为了证明业务的真实性和合规性，建议您留存与挂靠业务相关的所有资料，包括合同、付款凭证、发票等。
- 咨询专业税务机构：如果您对税务处理存在疑问或不确定，建议咨询专业的税务机构或税务人员，以确保您的业务处理符合税务法规和政策要求。
最后，我想强调的是，虚开增值税专用发票是一种严重的刑事犯罪，不仅会对国家税款安全造成危害，也会对纳税人的合法权益造成损害。因此，在处理项目挂靠协议的开票问题时，请务必谨慎对待，确保合规操作。