在存疑不起诉的案件中，可以要求嫌疑人退出违法所得，但具体能否实现取决于案件的具体情况及法律程序。以下从不同角度进行分析：
一、存疑不起诉的法律含义
存疑不起诉，又称证据不足不起诉，是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这并不意味着嫌疑人无罪，而是基于现有证据无法证明其有罪，因此检察机关选择不起诉。
二、违法所得的处理原则
违法所得的追缴：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一原则同样适用于存疑不起诉的案件，尽管案件未进入审判阶段，但违法所得的处理仍需遵循法律规定。
存疑不起诉与违法所得的关系：存疑不起诉并不影响对违法所得的追缴。因为违法所得的处理是基于嫌疑人的违法行为，而非其是否被定罪。只要嫌疑人的行为被认定为违法，且存在违法所得，就应当依法追缴。
三、要求嫌疑人退出违法所得的途径
检察机关的建议或要求：在存疑不起诉的案件中，检察机关可以依据法律规定，向嫌疑人提出退还违法所得的建议或要求。如果嫌疑人同意退还，案件可以顺利解决；如果嫌疑人拒绝退还，检察机关可以进一步采取措施。
公安机关的继续侦查与追缴：如果检察机关认为有必要，可以要求公安机关继续侦查，以收集更多证据证明嫌疑人的违法行为，并追缴违法所得。在侦查过程中，公安机关可以依法采取查封、扣押、冻结等措施，防止违法所得被转移或隐匿。
民事诉讼途径：如果违法所得涉及特定被害人，且检察机关未提起公诉或被害人对检察机关的处理结果不满意，被害人可以通过民事诉讼途径要求嫌疑人退还违法所得。在民事诉讼中，被害人需要提供证据证明嫌疑人的违法行为及违法所得的存在。
四、实际操作中的注意事项
证据的充分性：在要求嫌疑人退出违法所得时，必须确保有充分的证据证明违法所得的存在及嫌疑人的违法行为。否则，可能面临无法追缴或追缴后被撤销的风险。
程序的合法性：在追缴违法所得的过程中，必须严格遵守法律程序，确保程序的合法性。否则，可能因程序违法而导致追缴行为无效。
嫌疑人的权利保障：在追缴违法所得的过程中，也应保障嫌疑人的合法权益，如听证权、申诉权等。确保追缴行为的公正性和合法性。
总结来说，在存疑不起诉的案件中，可以要求嫌疑人退出违法所得，但具体能否实现取决于案件的具体情况及法律程序。如果面临此类问题，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。