镇政府制定的协议征收方案是否合法，需结合具体情况判断，但总体而言，若满足法定条件则合法，否则不合法。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法情形
征收主体合法且受委托：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，征收土地的主体原则上应为县级以上人民政府及其相关部门。若镇政府具有相应的征地职权，或受县级以上人民政府委托并在授权范围内开展征地工作，则其作为征收主体是合法的。在此前提下，镇政府制定的协议征收方案，若内容合法、程序合规，则具有法律效力。
征收程序合法：
- 镇政府在制定协议征收方案时，必须严格遵循法定程序。这包括发布征地公告、进行土地现状调查、组织听证、与被征地农民协商补偿安置方案等步骤。每一步都应依法依规进行，确保被征地农民的知情权、参与权、听证权等重要权利得到保障。若程序合法，则协议征收方案更有可能被认定为合法。
补偿合理公平：
- 协议征收方案中约定的补偿标准必须合理、公平，且不得低于当地省级政府制定的标准。补偿方式应多样化，如提供货币补偿、安置房等，以满足被征地农民的不同需求。若补偿合理公平，则协议征收方案更易获得被征地农民的认可，也更具合法性。
双方真实意愿：
- 协议征收方案必须是双方基于平等、自愿原则制定的，不存在欺诈、胁迫等违法情形。双方应充分协商，确保方案内容真实、合法、有效。若双方真实意愿得到体现，则协议征收方案更有可能被认定为合法。
不合法情形
超越职权：
- 若镇政府未获得征地及制定协议征收方案的权力，擅自制定并实施，则该方案因主体不具有相应职权而无效。此时，镇政府的行为可能构成违法征收，被征地农民有权通过法律途径维护自身权益。
程序违法：
- 若镇政府在制定协议征收方案时未履行法定程序，或程序存在瑕疵，如未进行公告、未对被征地农民进行补偿安置就直接制定方案，则该方案可能因程序违法而无效。程序违法是认定协议征收方案不合法的重要依据之一。
内容违法：
- 若协议征收方案的内容违反法律的强制性规定，如补偿标准远低于法定标准，严重损害被征地农民的利益，或安置方案不具有可操作性，则该方案可能被判定无效。内容违法是协议征收方案不合法的直接表现。
非真实意愿：
- 若一方以欺诈、胁迫等手段迫使对方接受协议征收方案，则该方案将被视为无效。双方真实意愿的体现是协议征收方案合法性的重要前提之一。
建议与注意事项
- 审慎审查方案：被征地农民在面对镇政府制定的协议征收方案时，应仔细审查方案内容，确保所有条款均符合法律法规的规定。如有必要，可咨询法律专业人士的意见，以确保自身权益得到充分保护。
- 保留相关证据：在征地过程中，被征地农民应妥善保留所有相关证据，如公告、听证记录、补偿协议等。这些证据将在发生争议时成为维护自身权益的重要依据。
- 及时寻求法律救济：如果被征地农民认为协议征收方案存在违法或不合理之处，应及时通过申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，镇政府制定的协议征收方案是否合法，需结合征收主体、征收程序、补偿标准及双方真实意愿等多个因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。