仅凭没合同且工资由实际控股人微信转账支付这一情况，不能直接确认劳动关系，但可作为认定劳动关系的参考证据之一，需结合其他证据综合判断。具体分析如下：
劳动合同并非认定劳动关系的唯一标准
根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条，劳动关系的成立需同时满足三个要件：
- 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
- 用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
- 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
即使未签订书面劳动合同，若实际履行了上述要件，仍可能被认定为劳动关系。
微信转账支付工资的证据效力
- 优势：微信转账记录可证明实际控股人（可能代表公司）向劳动者支付报酬的事实，结合其他证据（如工作安排、考勤记录等），可辅助证明劳动关系。
- 局限性：微信转账主体为个人，需进一步证明该个人与公司存在关联（如实际控股人身份证明、公司授权文件等），否则可能被认定为个人之间的劳务关系或借贷关系。
需补充的其他关键证据
为强化劳动关系认定的可能性，建议收集以下证据：
- 工作证明：如工牌、工服、考勤记录、工作群聊天记录等，证明劳动者接受公司管理；
- 业务关联性证据：如劳动者从事的工作内容与公司业务直接相关（如项目合同、工作成果交付记录等）；
- 公司认可证据：如公司法定代表人或负责人通过书面、邮件、短信等方式承认劳动者为公司员工；
- 社保缴纳记录：若公司为劳动者缴纳社保，可直接证明劳动关系。
实务建议
- 优先协商：尝试与公司协商补签劳动合同或出具书面劳动关系证明；
- 证据固定：保存所有与工作相关的微信聊天记录、转账记录、工作成果等，必要时进行公证；
- 申请仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张确认劳动关系及未签合同的双倍工资差额等权益。
总结：微信转账支付工资是认定劳动关系的辅助证据，但需结合其他证据形成完整证据链。若您面临此类问题，可进一步向我提供具体细节（如工作性质、管理方式等），我将为您制定更精准的维权策略。