运输合同纠纷开庭两次甚至多次，并非异常现象，而是由多种因素共同决定的。以下是对此问题的详细分析：

1. 案件复杂性：

   • 运输合同纠纷若涉及多方当事人、多个法律关系（如运输、仓储、保险等）或大量证据，法院可能需要多次开庭以全面查明事实、分清责任。例如，在涉及国际货物运输的纠纷中，可能涉及不同国家的法律适用、运输单据的审核、货物损失的原因及责任归属等多个复杂问题，这些都需要通过多次开庭来逐步梳理和解决。

2. 证据收集与质证：

   • 如果当事人在第一次开庭后提交了新的证据，或者需要对已有证据进行进一步的质证和辩论，法院可能会安排第二次或更多次的开庭。在运输合同纠纷中，证据可能包括运输单据、货物交接记录、损失鉴定报告等，这些证据的收集和质证往往需要一定的时间和程序，因此可能导致多次开庭。

3. 调解与和解：

   • 在诉讼过程中，如果双方当事人有意愿进行调解或和解，法院可能会安排专门的调解庭审。这不仅可以为双方提供一个协商解决纠纷的平台，还可以在一定程度上减少诉讼成本和时间。如果调解或和解成功，案件可能以撤诉或调解结案；如果调解或和解失败，则可能需要继续开庭审理。

4. 程序性事项：

   • 如管辖权异议、追加当事人、变更诉讼请求等程序性事项的处理，也可能导致开庭次数的增加。在运输合同纠纷中，如果一方当事人对管辖权提出异议，或者需要追加其他当事人参与诉讼，或者变更诉讼请求等，这些程序性事项都需要法院进行审查和处理，从而可能增加开庭次数。

5. 法官裁量权：

   • 法官在审理案件时，会根据实际情况和审理需要来决定是否需要再次开庭。例如，对于某些关键证据的认定或法律适用的疑难问题，法官可能会选择再次开庭以听取当事人的意见和辩论。在运输合同纠纷中，如果涉及复杂的法律适用问题或需要专业鉴定机构出具鉴定意见等，法官可能会根据审理需要决定增加开庭次数。

建议：

• 在处理运输合同纠纷时，当事人应积极配合法院的调查和审理工作，及时提供证据、陈述事实，并尊重法院的审理安排。
• 如果对开庭次数或审理过程有疑问或担忧，可以及时向法院或专业律师咨询，以便更好地了解案件进展和自身权益。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益并尽快解决纠纷。

运输合同纠纷开庭两次甚至多次是合理的，也是常见的。当事人应理性看待开庭次数，积极配合法院工作，并寻求专业法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。