针对您提出的“税务稽查案件因企业已注销，行政复议机关决定撤销案件后的后续处理”问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、理解当前情况

首先，我们需要明确的是，由于企业已经注销，其法律主体资格已经消失，这意味着它无法再作为行政复议的申请人或被申请人参与行政复议程序。行政复议机关在发现这一情况后，决定撤销案件，这是符合法律规定的处理方式。

二、后续处理建议

1. 确认注销情况的真实性：

   • 在处理后续事宜前，应首先确认企业注销的真实性，包括注销的时间、原因、注销程序是否合法等。这可以通过查询企业登记机关的注销登记记录来确认。

2. 分析税务稽查案件的遗留问题：

   • 尽管企业已注销，但税务稽查案件中可能仍存在一些遗留问题，如未缴清的税款、罚款等。这些遗留问题需要依法进行处理，以避免给相关方（如企业原股东、法定代表人等）带来不必要的法律风险。

3. 考虑税务机关的自我纠正机制：

   • 参考福州市税务局的行政复议案前自我纠正机制，虽然该机制主要应用于行政复议受理前，但其核心思想——主动纠正违法或不当的行政行为——同样适用于当前情况。税务机关可以主动审查税务稽查案件的处理过程，确保所有行政行为均合法合规，避免因程序或实体上的瑕疵而引发新的争议。

4. 探索和解或调解的可能性：

   • 尽管企业已注销，但如果存在与税务稽查案件相关的利益方（如企业原股东、债权人等），且这些利益方对税务机关的处理结果有异议，税务机关可以考虑与他们进行和解或调解。这需要依据《上海市税务行政复议和解调解实施办法》等相关规定，在合法合规的前提下进行。

5. 完善税务稽查案件的档案和记录：

   • 税务机关应完善税务稽查案件的档案和记录，包括案件的处理过程、证据材料、法律文书等。这有助于在后续可能出现的争议中提供有力的证据支持，保护税务机关的合法权益。

6. 关注类案规范，预防类似问题再次发生：

   • 税务机关应通过此次税务稽查案件，重视类案规范，深度、系统地分析共性执法问题，并采取措施加以改进。这有助于预防类似问题再次发生，提高税务执法的质量和效率。

三、具体操作步骤

1. 查询企业注销登记记录：确认企业注销的真实性和合法性。
2. 审查税务稽查案件处理过程：确保所有行政行为均合法合规。
3. 与相关利益方沟通：了解他们对税务稽查案件处理结果的看法和意见。
4. 考虑和解或调解：在合法合规的前提下，与相关利益方进行和解或调解。
5. 完善档案和记录：确保税务稽查案件的档案和记录完整、准确。
6. 分析共性执法问题：采取措施加以改进，预防类似问题再次发生。

综上所述，税务稽查案件因企业已注销而撤销后，税务机关应依法处理遗留问题，考虑和解或调解的可能性，完善档案和记录，并关注类案规范以预防类似问题再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。