结论前置：行政机关对企业进行行政处罚后，一般情况下不能直接对公司员工就同一违法行为再进行行政处罚，但存在特定情形下可对公司员工进行处罚。具体能否处罚需根据违法行为的性质、是否持续或再次发生以及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、基于“一事不再罚”原则的一般情况
法律规定：根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。这一原则同样适用于公司员工，即如果员工因某一违法行为已被行政机关处罚，且该处罚已针对该违法行为作出了全面的法律评价，那么行政机关通常不能再就同一违法行为对员工进行重复处罚。
具体适用：例如，若员工因在公司内违规操作导致环境污染，已被环保部门罚款，那么环保部门通常不能再就同一违规操作行为对员工进行再次罚款。但需注意，如果员工的行为同时违反了多个法律规范，且这些法律规范均规定应给予罚款处罚，那么应按照罚款数额高的规定执行，而非简单重复处罚。
二、不同情形下可对公司员工进行处罚的情况
基于新的违法事实：
- 若员工在受罚后又实施了新的违法行为，如泄露公司机密、贪污公款等，那么行政机关或公司可根据新事实和相关规定对员工进行处罚。这种情况下，处罚是针对新的违法行为，而非之前的违法行为，因此不违反“一事不再罚”原则。
持续性违法行为：
- 如果员工的违法行为在一定时间内持续存在且未被纠正，如持续违规排放污染物、持续违规销售假冒伪劣产品等，那么行政机关可在违法行为持续期间内针对每个独立阶段进行多次处罚。但需注意，这种处罚应针对违法行为的每个独立阶段，而非简单重复处罚同一违法行为。
再次发生违法行为：
- 员工在受罚后再次实施相同或类似违法行为，视为独立事件，行政机关可依法再次处罚。例如，员工因酒驾被处罚后，再次酒驾，那么交警部门可依法再次对其进行处罚。
单位内部管理规定与行政处罚的区别：
- 公司基于内部管理需要采取的管理性措施，如通报批评、调整岗位、扣发奖金等，与行政机关的行政处罚性质不同。因此，即使员工已被行政机关处罚，公司仍可根据内部管理规定对员工进行相应处理，这不构成重复处罚。
员工行为构成犯罪的情况：
- 如果员工的行为不仅违反了行政法规，还构成了犯罪，那么员工将面临刑事处罚。这种情况下，行政处罚与刑事处罚是两种不同性质的处罚，可以并行不悖。例如，员工因贪污公款被行政机关处罚后，如果贪污数额较大构成犯罪，那么员工还将面临刑事处罚。
三、建议与指导
- 对于公司：在面对员工违法行为时，应首先了解违法行为的性质、情节以及相关法律规定，确保处罚的合法性和合理性。同时，公司应加强内部管理，完善规章制度，预防员工违法行为的发生。
- 对于员工：应严格遵守法律法规和公司规章制度，避免违法行为的发生。如果因违法行为受到处罚，应认真吸取教训，及时改正错误，并严格遵守相关法律法规和公司规章制度。
- 对于争议解决：如果公司或员工对行政处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自身合法权益。
综上所述，行政机关对企业进行行政处罚后，能否对公司员工再进行行政处罚需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。