合同章由出纳保管是否合法，需结合具体情况及公司内部管理规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司内部管理规定角度：
- 如果公司章程、内部管理制度或相关规章制度中明确规定了合同章的保管责任，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照公司规定执行即可。若规定合同章由出纳保管，且该规定合法有效，则出纳保管合同章是合法的。
- 反之，如果公司规定合同章应由其他部门或人员保管，而出纳却擅自保管，则可能违反公司内部管理规定，但不一定直接构成违法，除非该行为导致了公司利益受损或触犯了其他法律法规。
法律法规角度：
- 从法律法规层面来看，并没有直接规定合同章必须由哪个部门或人员保管。合同章的保管更多属于公司内部管理范畴，而非法律强制要求。
- 然而，如果出纳在保管合同章的过程中，利用职务之便，私自使用合同章签订合同，或者将合同章出借给他人使用，导致公司利益受损或触犯法律，那么出纳的行为就可能构成违法，甚至犯罪。例如，如果出纳私自使用合同章签订虚假合同，骗取公司财物，就可能构成职务侵占罪或诈骗罪。
实际操作建议角度：
- 为了避免潜在的法律风险，公司应建立健全的合同章管理制度，明确合同章的保管、使用、审批等流程，并确保相关人员严格遵守。
- 出纳作为财务人员，其主要职责是负责公司的资金收付、账务处理等财务工作，而非合同管理。因此，从风险防控的角度出发，建议公司不要将合同章交由出纳保管，而是由专门的合同管理部门或人员负责。
- 如果公司确实需要出纳参与合同管理相关工作，如核对合同金额、支付合同款项等，也应明确其职责范围，并加强监督和管理，防止出纳利用职务之便进行违法活动。
总结来说，合同章由出纳保管是否合法，需根据公司内部管理规定和法律法规来判断。为了避免潜在的法律风险，建议公司建立健全的合同章管理制度，并明确合同章的保管责任和使用流程。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。