针对您提出的“集装箱房在基本农田里怎么处理”的问题，这是一个涉及违法占地和耕地保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，在基本农田上搭建集装箱房是违法的行为。基本农田是粮食生产的重要基础，受到国家法律的严格保护，任何未经批准擅自改变其用途的行为都是不被允许的。集装箱房虽然具有一定的移动性和临时性，但一旦在基本农田上固定下来并用于居住、储物等用途，就构成了违法占地行为。

针对这种违法行为，相关部门会采取一系列措施进行处理：

1. 发现与调查：

   • 相关部门（如城管、自然资源与规划部门等）在日常巡查或接到举报后，会立即前往现场进行调查，确认集装箱房是否确实搭建在基本农田上，并了解其用途、搭建时间等相关情况。

2. 责令改正：

   • 一旦确认存在违法占地行为，相关部门会依法向当事人发出责令改正通知书，要求其在规定期限内自行拆除集装箱房，并恢复土地耕种条件。

3. 行政处罚：

   • 如果当事人未在规定期限内自行拆除，相关部门会依法进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。同时，还可能对相关责任人员进行通报批评、约谈提醒或诫勉谈话等。

4. 强制拆除：

   • 在极端情况下，如果当事人拒不履行行政处罚决定，相关部门会依法组织强制拆除行动，确保基本农田得到恢复和保护。

5. 恢复土地耕种条件：

   • 拆除集装箱房后，相关部门会监督当事人恢复土地耕种条件，确保基本农田能够重新用于农业生产。

以您提供的参考信息中的案例为例，海南某农业公司就曾因违法占用永久基本农田建设集装箱板房而受到处罚。该公司在接到责令改正通知书后，自行拆除了集装箱板房，并恢复了土地耕种条件。这一案例充分说明了违法占地行为的严重性和相关部门对耕地保护的坚定决心。

因此，我建议您如果发现有集装箱房搭建在基本农田上的情况，应及时向相关部门举报，共同维护我们的耕地资源和粮食安全。同时，也提醒广大市民和企业，在搭建任何建筑物或设施时，务必遵守相关法律法规，确保合法合规。