结论：商铺租赁合同由父亲签订，儿子实际经营并与房东沟通，合同是否有效需分情况讨论，但通常情况下合同是有效的。以下是详细分析：
一、合同有效要件分析
行为人具有相应的民事行为能力：
- 父亲作为签订合同的一方，必须具备完全民事行为能力，能够理解合同的内容和后果，并能自主决策。如果父亲具备完全民事行为能力，则满足此要件。
- 儿子虽然实际经营并与房东沟通，但并非合同签订方，其民事行为能力不影响合同的效力。不过，若儿子在经营过程中代表父亲与房东进行了一些法律行为（如签署补充协议等），则儿子也需具备相应的民事行为能力。
意思表示真实：
- 合同必须是父亲真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等不正当手段影响合同的成立。如果父亲是在自愿、平等的基础上签订的合同，则满足此要件。
- 儿子实际经营并与房东沟通，并不改变父亲签订合同的真实意愿，除非有证据表明儿子或房东通过不正当手段影响了父亲的决策。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：
- 合同内容和目的必须合法，不能违反国家法律法规的强制性规定。商铺租赁合同通常不涉及违法内容，因此满足此要件。
- 同时，合同也不能违背社会的公共秩序和善良风俗。商铺租赁合同一般也不涉及违背公序良俗的内容。
合同标的确定且可能：
- 合同中涉及的商铺必须明确且无权属争议，确保可以顺利租赁。如果商铺产权清晰，无争议，则满足此要件。
- 商铺应具备合法的产权证明，且不存在无法履行的情况（如被查封、抵押等）。
二、儿子实际经营与沟通的影响
- 儿子实际经营商铺并与房东沟通，并不改变父亲作为合同签订方的法律地位。除非合同中有明确约定或双方另有协议，否则儿子并不当然成为合同的当事人。
- 如果儿子在经营过程中需要代表父亲与房东进行一些法律行为（如签署补充协议、支付租金等），建议父亲出具书面授权委托书，明确儿子的代理权限和范围，以避免可能的纠纷。
三、风险提示与建议
- 家庭内部纠纷的影响：如果家庭内部存在纠纷（如父亲与儿子之间的财产分割、其他家庭成员对商铺的权益主张等），可能会影响合同的履行和效力认定。在这种情况下，建议家庭成员之间先协商解决纠纷，或寻求专业法律意见以确保合同的合法性和有效性。
- 合同履行过程中的注意事项：在合同履行过程中，父亲（或儿子代表父亲）应严格按照合同约定履行各自的义务（如支付租金、维护商铺等），以避免可能的违约责任和纠纷。同时，建议保留好相关证据（如租金支付凭证、商铺维护记录等），以备不时之需。
总结：商铺租赁合同由父亲签订，儿子实际经营并与房东沟通，在通常情况下合同是有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，并避免可能的纠纷和风险，建议父亲（或儿子代表父亲）在合同履行过程中注意上述事项，并在必要时寻求专业法律意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。