结论：公务员上级要求早退并让个人写申请的行为，其合法性需分情况讨论，一般而言，若不符合法定工作时间调整或未遵循正当程序，则可能不合法。
分析：
公务员工作时间与纪律：
- 公务员的工作时间通常由国家法律法规或单位规章制度明确规定，旨在保障公务员的休息权和工作效率。
- 早退，即未到规定下班时间提前离开工作岗位，若未经合法程序批准，一般属于违反工作纪律的行为。
上级要求早退的合法性：
- 合法情形：若因特殊原因（如自然灾害、突发事件等紧急情况），需要公务员提前结束工作以应对，且上级依据相关法律法规或单位规章制度作出合理安排，并确保公务员的合法权益不受损害，则这种要求可能是合法的。
- 不合法情形：若上级无正当理由，仅凭个人意愿或偏好要求公务员早退，且未遵循正当程序（如未提前通知、未说明原因、未提供合理补偿等），则这种要求可能违反公务员管理规定和劳动法律法规，构成不合法行为。
个人写申请的合法性：
- 申请作为程序要求：在某些情况下，单位可能要求公务员在早退前提交书面申请，以便记录和管理。这种要求本身并不违法，但前提是申请程序必须合法、合理，且不得损害公务员的合法权益。
- 申请作为责任转嫁：若上级要求公务员写申请，实际上是将早退的责任转嫁给公务员个人，试图通过申请程序来规避单位或上级的责任，这种做法可能不合法，因为它违反了公务员管理的基本原则和劳动法律法规的精神。
法律后果与维权途径：
- 若公务员认为上级的要求不合法，有权拒绝执行，并可以向单位人事部门或纪检监察部门反映情况，要求纠正。
- 若因早退而受到不公正对待或处罚，公务员可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
建议：
- 公务员在面对上级要求早退并让个人写申请的情况时，应首先了解相关法律法规和单位规章制度，判断上级要求的合法性。
- 若认为要求不合法，可以与上级沟通协商，表达自己的意见和诉求。
- 若沟通无果，可以向单位人事部门或纪检监察部门反映情况，寻求帮助和支持。
- 在整个过程中，公务员应保留好相关证据（如书面通知、聊天记录等），以便在需要时维护自己的合法权益。
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