申请保密资格时，是否需要列出所有分公司，需根据具体情况判断，具体如下：

1. 若分公司涉及保密业务或可能接触保密信息：在这种情况下，申请保密资格时通常需要列出所有相关分公司。因为保密资格的申请旨在确保整个组织体系，包括其分支机构，都能满足保密要求，防止保密信息泄露。如果分公司涉及保密业务或可能接触到保密信息，那么不将其列入申请范围可能会导致保密资格审核不通过，或者即使获得资格，也可能因后续监管发现问题而面临撤销资格的风险。
2. 若分公司与保密业务无关且不接触保密信息：如果分公司完全不涉及保密业务，且其员工、设施、系统等均不可能接触到任何保密信息，那么在申请保密资格时，可能无需特别列出这些分公司。但即便如此，也建议申请方在申请材料中明确说明分公司的业务范围及与保密业务的无关性，以便审核机构全面了解申请方的组织架构和业务情况。