针对您提出的“申请保密资质单位是否一定要有涉密合同”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，申请保密资质的单位并不一定要已经签订了正式的涉密合同。根据《认定办法》第十三条的规定，针对保密资格单位设定的基本条件之一是：“承担或者拟承担武器装备科研生产的项目、产品涉及国家秘密”。这里的“拟承担”指的是有涉密科研生产项目的合同意向，而并非必须已经签订了正式的涉密合同。

在实际操作中，采购方与企业之间达成意向协议即可作为申请保密资质的依据。这种意向协议表明了双方有合作的意愿，并且项目或产品涉及国家秘密，这就满足了申请保密资质的基本条件。

此外，《政府采购法》也允许涉密采购可以不采取公开招投标的方式。这意味着，如果某企业拥有其他已有保密资格企业所不具备的优势，采购方可以为其出具意向协议，企业凭此意向协议即可申请保密资格。在取得保密资格后，双方再签订正式的涉密军品合同。

这种制度设计不仅为优质企业预留了进入涉军业务的通道，也在一定程度上促进了涉军业务企业的优胜劣汰。它鼓励企业提升自身的保密能力和技术水平，以更好地满足涉密项目的要求。

综上所述，申请保密资质的单位并不一定要已经签订了正式的涉密合同，而是需要有涉密科研生产项目的合同意向或采购方出具的意向协议。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的咨询，请随时联系我。