结论：在撞车后已出责任认定书且选择自赔，但交强险赔偿金额不足以覆盖修车费用的情况下，商业险是否赔付取决于您是否购买了相应的商业险种（如车损险）以及该险种的保险条款是否覆盖此类情况。
分析说明：
交强险与商业险的区别：
- 交强险（机动车交通事故责任强制保险）是法定强制购买的保险，主要赔偿因交通事故造成第三方（不包括本车人员和被保险人）的人身伤亡和财产损失，其赔偿限额相对较低。
- 商业险则是车主自愿购买的，包括多种险种，如车损险、第三者责任险、盗抢险等，用于补充交强险的不足，提供更全面的保障。
商业险的赔付条件：
- 若您购买了车损险，且保险条款中明确规定了因交通事故造成的车辆损失属于赔付范围，那么在交强险赔偿不足的情况下，商业险（车损险）通常会赔付剩余的修车费用。
- 赔付的具体金额和条件需依据您与保险公司签订的保险合同来确定，包括免赔额、赔付比例等。
赔付流程：
- 在发生交通事故后，您应及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关证明和资料，如事故认定书、修车发票等。
- 保险公司会根据保险条款和实际情况进行审核，确定赔付金额，并在约定时间内完成赔付。
特殊场景：
- 如果您未购买车损险或购买的商业险种不包含车辆损失赔付，那么在交强险赔偿不足的情况下，您可能需要自行承担剩余的修车费用。
- 另外，如果事故责任完全在对方，且对方有足够的保险赔偿能力，您也可以选择向对方或对方的保险公司追偿。
行动建议：
- 查看保险合同：仔细阅读您购买的商业险保险合同，特别是关于车辆损失赔付的条款，了解赔付范围、免赔额等关键信息。
- 及时报案：在发生交通事故后，及时向保险公司报案，并按照要求提供相关证明和资料。
- 咨询保险公司：如果您对保险条款或赔付流程有疑问，可以直接联系保险公司进行咨询。
- 考虑法律途径：如果与保险公司或对方在赔付问题上存在争议，您可以考虑通过法律途径解决，如申请调解、仲裁或提起诉讼。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。