结论前置：离婚协议二年后，男方私自带孩子做亲子鉴定，这一行为本身并不直接构成违法，但可能涉及一些法律和伦理问题，具体需根据实际情况判断。

1. 法律层面分析：

• 隐私权保护：在我国，未成年人的隐私权同样受到法律保护。男方私自带孩子做亲子鉴定，若未征得孩子（若孩子已具备一定认知能力）或孩子法定监护人（如女方，在离婚后若女方为直接抚养人）的同意，可能侵犯了孩子的隐私权。然而，这一行为的违法性并非绝对，因为亲子鉴定本身并不直接泄露孩子的隐私信息，关键在于鉴定过程中是否妥善保护了孩子的个人信息及鉴定结果的用途。
• 亲子关系确认：亲子鉴定是确认亲子关系的一种科学手段。若男方对孩子的亲子关系存在合理怀疑，且希望通过亲子鉴定来确认，这一行为在法律上并无直接禁止。但男方应通过合法途径进行，如与女方协商一致后共同进行，或通过法院委托进行。
• 离婚协议的影响：离婚协议主要规定了双方在离婚后的权利义务，如财产分割、子女抚养等。它并不直接限制或禁止一方进行亲子鉴定。因此，从离婚协议的角度来看，男方私自带孩子做亲子鉴定并不直接违反离婚协议。

2. 伦理层面分析：

• 尊重孩子意愿：若孩子已具备一定认知能力，男方应尊重孩子的意愿，避免在孩子不知情或不同意的情况下进行亲子鉴定。
• 维护家庭关系：亲子鉴定可能对孩子和家庭关系产生深远影响。男方应谨慎考虑这一行为可能带来的后果，如破坏与孩子的信任关系、引发家庭矛盾等。

3. 实际操作建议：

• 协商沟通：若男方对孩子的亲子关系存在疑问，建议首先与女方进行协商沟通，共同决定是否进行亲子鉴定及鉴定的方式。
• 合法途径：若协商不成，男方可以通过合法途径进行亲子鉴定，如向法院申请委托鉴定机构进行鉴定。这样既能保护孩子的隐私权，又能确保鉴定结果的合法性和有效性。
• 考虑后果：男方在决定进行亲子鉴定前，应充分考虑这一行为可能带来的法律后果和伦理影响，确保自己的行为符合法律和道德规范。

4. 特殊情况说明：

• 若男方有充分证据表明孩子可能非其亲生，且这一怀疑对孩子的抚养、教育等产生重大影响，男方在紧急情况下可能可以未经女方同意私自进行亲子鉴定，但应尽快通过法律途径确认鉴定结果，并妥善处理后续事宜。然而，这种情况下的行为仍需谨慎，并建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

总结：离婚协议二年后，男方私自带孩子做亲子鉴定并不直接构成违法，但可能涉及隐私权保护和伦理问题。建议男方在决定进行亲子鉴定前，充分考虑法律后果和伦理影响，并通过合法途径进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。