关于集采药品第二年签三方协议时是否可以更换其他厂家的问题，这主要取决于集采协议期满后的接续工作安排以及具体的采购规则。
首先，我们需要明确的是，集采药品的采购协议通常是有一定期限的，协议期满后需要进行接续工作，以确保药品的稳定供应和采购的连续性。在这个过程中，是否可以更换厂家，并不是由单一因素决定的，而是需要综合考虑多方面的情况。
一、接续工作的原则
根据国家医疗保障局办公室关于做好国家组织药品集中带量采购协议期满后接续工作的通知，接续工作应坚持“招采合一、量价挂钩”的原则，着眼于稳定市场预期、稳定价格水平、稳定临床用药。这意味着，在接续过程中，会尽量保持采购的稳定性和连续性，避免频繁更换厂家带来的市场波动和临床用药的不便。
二、更换厂家的可能性
如果原中选厂家无法继续供应：在协议期满后，如果原中选厂家由于各种原因（如生产能力不足、质量问题等）无法继续供应药品，那么医疗机构在接续过程中是有可能选择其他符合条件的厂家进行采购的。
如果接续工作允许重新竞价或询价：在接续过程中，如果采取了重新竞价或询价的方式确定中选企业和中选价格，那么医疗机构在报价和选择过程中，也有可能根据报价情况、产品质量、供应能力等因素，选择其他厂家作为新的中选企业。
但需注意“一品两规”等规定：医疗机构在选择报量厂牌时，需注意和主管部门“一品两规”等药品配备的相关规定做好衔接。这意味着，在更换厂家时，需要确保新厂家的药品符合相关规定，且不会因更换厂家而影响临床用药的安全性和有效性。
三、实际操作中的建议
密切关注接续工作通知：医疗机构应密切关注当地医保部门发布的接续工作通知，了解具体的采购规则、时间安排和要求等信息。
合理评估厂家情况：在选择是否更换厂家时，医疗机构应合理评估原中选厂家和新厂家的生产能力、产品质量、供应稳定性等方面的情况，确保更换厂家后不会影响临床用药的连续性和安全性。
加强与主管部门的沟通：如果医疗机构有更换厂家的需求或疑问，应及时与当地医保部门进行沟通，了解相关政策和规定，确保更换厂家的合法性和合规性。
综上所述，集采药品第二年签三方协议时是否可以更换其他厂家，并不是一个简单的“可以”或“不可以”的问题，而是需要根据具体的采购规则、厂家情况和临床需求等多方面因素进行综合考虑和决策。