签三方协议与实习单位可以不是一个公司。以下从不同角度为你详细分析：

从三方协议的本质和目的来看

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要是为了解决毕业生就业问题，保障毕业生在就业过程中的权益，同时明确学校在就业工作中的相关责任。其核心在于确定毕业生毕业后的就业去向和用人单位接收毕业生的相关事宜，重点在于就业关系的建立。

而实习单位是毕业生在毕业前进行实践学习、积累工作经验的场所，实习的目的主要是让毕业生提前适应职场环境，提升实践能力和专业技能。实习并不等同于就业，实习关系和就业关系在法律性质、权利义务等方面存在明显差异。所以，从三方协议的本质和目的出发，签三方协议的单位和实习单位没有必然的关联，二者可以不是同一个公司。

从实际操作和常见情况来看

在实际生活中，很多毕业生会选择在不同的公司进行实习和签订三方协议。例如，有些毕业生在实习阶段可能更注重实践经验的积累，会选择一些行业内有代表性、能够提供丰富实践机会但不一定是自己最终就业目标的公司进行实习。而在毕业时，他们可能会根据自己的职业规划、发展前景等因素，选择另一家更适合自己长期发展的公司签订三方协议，确定就业关系。这种做法是比较常见且合理的。

需要注意的法律风险和问题

虽然签三方协议与实习单位可以不是一个公司，但在实际操作过程中，也需要注意一些法律风险和问题：

1. 三方协议的违约问题：如果毕业生在签订三方协议后，又因为各种原因不想去该单位就业，可能会面临违约责任。根据三方协议的约定，毕业生可能需要向用人单位支付违约金。所以，在签订三方协议前，毕业生一定要慎重考虑，确保自己能够履行协议中的义务。
2. 实习协议的签订：无论实习单位是否与签订三方协议的单位相同，毕业生在实习前都应该与实习单位签订实习协议，明确双方的权利义务，如实习期限、实习内容、实习报酬、保密条款等。这样可以避免在实习过程中出现纠纷时，双方权益无法得到保障的情况。
3. 就业信息的真实性：毕业生在选择签订三方协议的单位时，要对该单位的真实性、合法性进行核实，避免陷入虚假招聘、传销等陷阱。可以通过查询企业信用信息公示系统、咨询学校就业指导中心等方式，了解用人单位的相关情况。

如果你在签三方协议或实习过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。