分居期间对方打电话的处理方式需结合通话内容、双方关系状态及法律后果综合判断，具体分情况说明如下：

1. 若通话内容涉及协商离婚、财产分割、子女抚养等合理事项
   分居期间双方仍为夫妻关系，就婚姻相关事宜沟通属于正常行为。建议：

   • 保持理性沟通：若对方态度平和，可就具体问题（如子女探视时间、共同财产管理）协商并留存记录（如通话录音、聊天记录），为后续可能的离婚诉讼或协议提供依据；
     
   • 明确边界：若对方频繁以协商名义骚扰（如深夜来电、重复讨论已达成一致的事项），可明确告知“仅接受工作时间沟通具体事务”，并保留证据（如通话记录、短信截图），必要时可向法院申请“人身安全保护令”（若对方行为已构成骚扰或威胁）。
     

2. 若通话内容涉及威胁、辱骂、骚扰等违法行为
   根据《民法典》第1042条及《治安管理处罚法》第42条，禁止家庭暴力、侮辱、诽谤或骚扰他人。建议：

   • 立即取证：保存通话录音、短信、微信记录等证据，记录通话时间、频率及具体内容；
     
   • 报警处理：若对方行为已构成“多次发送淫秽、侮辱、恐吓信息干扰他人正常生活”或“威胁他人人身安全”，可向公安机关报案，要求对其训诫、罚款或拘留；
     
   • 申请人身安全保护令：若对方行为已严重影响生活（如跟踪、到住所或工作单位骚扰），可向法院提交证据申请保护令，禁止对方接触、骚扰申请人及其近亲属。
     

3. 若通话内容涉及第三者介入或婚外情证据收集
   分居期间双方仍为夫妻，若对方在通话中承认出轨或与第三者同居，可作为离婚诉讼中“重大过错”的证据（根据《民法典》第1079条，法院可据此判决离婚并倾向无过错方）。建议：

   • 合法取证：通过录音、聊天记录等固定证据，但需注意取证方式合法（如不得窃听、偷拍隐私场所）；
     
   • 咨询律师分析证据效力：不同证据形式（如对方自认、证人证言、转账记录）的证明力不同，需结合具体案情判断是否足以支持“感情破裂”或“过错赔偿”主张。
     

总结：分居期间对方来电的处理需“区分性质、保留证据、合法应对”。若为合理协商，可理性沟通；若为骚扰或违法，需果断取证并寻求法律保护；若涉及离婚证据，需确保取证合法性。如有具体情境或证据问题，可直接向我咨询，我会结合案情进一步分析。