若发现包车按照班车模式经营，交通运输管理部门可依法取证并处罚，具体取证方式及处罚措施如下：

取证方式

1. 现场检查：交通运输执法人员可在客运站、旅客集散地、包车停靠点等场所，对涉嫌违规的包车进行现场检查。检查内容包括车辆的道路运输证、驾驶员的从业资格证、包车合同或包车牌等。若发现包车未按照包车合同约定的线路、站点行驶，或者实际运营模式与包车性质不符（如按固定线路、班次运营），则可初步认定其存在违规行为。
2. 调查询问：执法人员可对包车驾驶员、乘客、包车人等相关人员进行调查询问，了解包车的实际运营情况。例如，询问乘客是否提前购买了车票、是否按照固定时间乘车、是否在固定站点上下车等。若乘客的陈述与包车合同或包车牌上的信息不一致，且符合班车运营的特征，则可进一步证实包车的违规行为。
3. 技术监控：利用GPS定位系统、车载视频监控等技术手段，对包车的行驶轨迹、运营时间等进行实时监控。若发现包车长期按照固定线路、班次运营，且未按照包车合同约定的方式进行运营，则可作为违规行为的证据。
4. 收集书面证据：收集包车合同、包车牌、行车日志、乘客名单等书面证据。这些证据可证明包车的运营计划、实际运营情况以及是否存在违规行为。例如，若包车合同上约定的运营线路与实际行驶线路不符，或者行车日志上记录的运营时间与班车运营时间相似，则可作为违规行为的证据。

处罚措施

1. 责令改正：交通运输管理部门在发现包车按照班车模式经营后，会首先责令包车经营者立即停止违规行为，并按照包车合同约定的方式进行运营。
2. 罚款：根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关规定，包车经营者若未按照包车合同约定的线路、站点行驶，或者未按约定的起始地、目的地和线路行驶，由县级以上道路运输管理机构责令改正，处1000元以上3000元以下的罚款。若情节严重，如长期违规运营、造成恶劣影响等，罚款金额可能会更高。
3. 吊销相关证件：若包车经营者多次违规或者违规情节严重，交通运输管理部门可依法吊销其道路运输经营许可证、车辆道路运输证或者驾驶员从业资格证等相关证件。这将导致包车经营者无法继续从事道路运输经营活动。
4. 其他处罚：根据违规行为的性质和情节，交通运输管理部门还可采取其他处罚措施，如责令停业整顿、没收违法所得等。