针对您提出的“公司有道路运输经营许可证但客车未取得营运证如何处罚”的问题，以下是根据相关法律法规提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使公司已经取得了道路运输经营许可证，但如果其客车未取得合法有效的营运证，仍然属于违规行为，将受到相应的法律处罚。

根据《道路旅客运输及客运站管理规定》（2023年交通运输部令第18号第二次修正）第九十七条的规定，客运经营者使用未持合法有效《道路运输证》的车辆参加客运经营的，由交通运输主管部门责令改正，并处以3000元以上1万元以下的罚款。这一规定明确指出了对违规行为的处罚措施。

此外，如果公司的违规行为造成了严重的后果，如影响了旅客的合法权益、扰乱了市场秩序等，还可能面临更严厉的处罚，包括但不限于没收违法所得、吊销道路运输经营许可证等。

因此，建议公司务必确保所有参与客运经营的车辆都取得了合法有效的营运证，以避免不必要的法律风险和经济损失。同时，公司也应加强对车辆和驾驶员的管理，确保合规经营，维护良好的市场秩序和旅客的合法权益。

最后，如果公司对处罚决定有异议，可以在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。但在复议或诉讼期间，处罚决定一般不停止执行，除非有特定的法律规定或复议、诉讼机关决定暂停执行。