结论：在甲公司已经注销且书面通知乙公司租赁合同终止的情况下，乙公司通常不能直接起诉甲公司，但具体还需根据注销程序是否合法、合同终止通知是否有效以及是否存在其他争议焦点来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司注销后的法律地位
公司注销的法律效果：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司注销意味着其法人资格的终止，即公司作为法律主体的消失。注销后，公司不再具备承担民事责任的能力。
注销后的诉讼主体问题：
- 既然公司已经注销，其法人资格已不存在，因此，在一般情况下，乙公司无法再以甲公司为被告提起诉讼。因为诉讼需要明确的被告，而注销后的公司已不具备被告资格。
二、合同终止的通知与效力
合同终止的通知：
- 甲公司书面通知乙公司租赁合同终止，这是合同终止的一种常见方式。如果通知内容明确、合法，且乙公司未提出异议或未在合理期限内提出异议，则合同通常视为已终止。
合同终止后的权利义务：
- 合同终止后，双方的权利义务通常也随之终止。除非合同中有特别约定或法律另有规定，否则一方不得再就合同事项向另一方主张权利。
三、特殊情况下的诉讼可能性
注销程序不合法：
- 如果甲公司的注销程序存在违法情形，如未依法清算、未通知债权人等，乙公司可能有权向甲公司的股东、董事或实际控制人等主张权利，要求其承担因注销程序不合法而给乙公司造成的损失。但这种情况下，乙公司起诉的被告并非甲公司本身，而是甲公司的相关责任人。
合同终止通知存在瑕疵：
- 如果甲公司发出的合同终止通知存在瑕疵，如内容不明确、未送达乙公司等，乙公司可能有权主张合同并未有效终止，并继续要求甲公司履行合同义务。但鉴于甲公司已经注销，这种主张可能面临实际履行上的困难。不过，乙公司仍可以尝试通过法律途径追究甲公司注销前的相关责任人的责任。
存在其他争议焦点：
- 如果双方在合同终止后还存在其他争议焦点，如租金结算、押金退还、违约责任等，乙公司可能需要根据具体情况选择合适的法律途径来维护自己的权益。例如，如果甲公司在注销前未与乙公司就租金结算等事项达成一致，乙公司可能有权向甲公司的相关责任人主张租金等费用。
建议：
- 对于乙公司而言，如果认为甲公司的注销或合同终止通知存在违法或不当情形，建议及时咨询专业律师，评估自身权益受损情况，并考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 在处理此类纠纷时，乙公司应注意收集并保存相关证据，如合同文本、通知文件、往来函件等，以便在需要时提供证明。
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