核心结论：运营车辆挂靠协议过期后，您可采取续签协议、解除挂靠关系或协商变更协议条款等方式处理，具体需结合实际情况及双方意愿决定。以下为详细分析：

1. 续签挂靠协议
   若双方仍希望继续保持挂靠关系，最直接的方式是协商续签协议。续签时需注意：

   • 明确期限：重新约定挂靠期限，避免再次出现过期未处理的情况；
     
   • 更新条款：根据最新法律法规（如交通运输管理规定、税收政策等）调整协议内容，例如挂靠费用、责任划分、保险购买等；
     
   • 书面形式：务必签订书面协议，避免口头约定引发纠纷。
     

2. 解除挂靠关系
   若一方或双方不愿继续合作，可协商解除挂靠关系。需注意：

   • 清算义务：结清挂靠期间产生的费用（如管理费、税费、违章罚款等）；
     
   • 车辆过户：将车辆从挂靠公司名下过户至实际所有人名下，需携带协议、身份证、行驶证等材料到车管所办理；
     
   • 书面解除协议：签订解除协议，明确双方权利义务终止，避免后续争议。
     

3. 协商变更协议条款
   若仅部分条款需调整（如费用标准、管理方式），可协商变更原协议。需注意：

   • 补充协议：签订书面补充协议，注明变更内容及生效时间；
     
   • 合法性审查：确保变更内容不违反法律强制性规定（如挂靠经营合法性、税收合规性等）。
     

风险提示：

• 若协议过期后未续签或解除，但实际仍按原协议履行，可能被认定为“事实挂靠关系”，此时双方权利义务可能按原协议或交易习惯认定，但缺乏明确约定易引发纠纷；
  
• 若挂靠公司存在违规操作（如未购买足额保险、未处理违章等），实际车主可能承担连带责任，建议及时解除关系或督促整改。
  

建议行动：

1. 优先与挂靠公司协商，明确后续合作意向；
   
2. 根据协商结果选择续签、解除或变更协议，并签订书面文件；
   
3. 办理车辆过户等手续时，保留相关凭证（如过户证明、费用结算单等）。
   

如有具体协议条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您提供更详细的法律建议。