针对“员工出错签单三年了，对方还钱后如何处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工行为构成职务行为，且公司已承担责任
   根据《民法典》第170条，员工在执行工作任务中造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。若公司此前已因员工签单错误向对方履行了赔偿义务（如支付违约金、赔偿损失等），对方现在返还的款项应视为公司财产，需按以下步骤处理：

   • 确认款项性质：要求对方明确还款性质（如误还、补偿款等），并保留书面证据（如转账备注、还款协议）；
     
   • 内部追偿：若员工存在重大过失，公司可依据内部规章制度（如《员工手册》）或劳动合同约定，向员工追偿部分或全部损失，但需注意追偿比例需合理（通常不超过员工月工资的20%，且扣除后不低于当地最低工资标准）；
     
   • 财务处理：将返还款项计入公司账户，并调整相关会计科目（如冲减“营业外支出”或“其他应收款”）。

2. 若员工行为不构成职务行为，或公司未承担责任

   • 员工个人责任：若员工签单错误属于个人行为（如超越职权范围、私自以公司名义签约），且公司未因此向对方赔偿，则对方还款应直接归员工所有。但需注意：
     
     • 若对方误将款项支付至公司账户，公司应立即返还，否则可能构成“不当得利”（《民法典》第985条）；
       
     • 若员工已离职，公司需协助联系员工或提供必要信息，但无义务直接处理款项。
       
   • 合同效力问题：若签单涉及的合同因员工无权代理或表见代理被撤销/无效，对方还款可能涉及合同解除后的财产返还义务，需结合具体合同条款和履行情况分析。

3. 特殊情形：诉讼时效与证据保留

   • 诉讼时效：根据《民法典》第188条，民事权利诉讼时效为3年。若对方还款是基于此前纠纷的诉讼结果（如法院判决公司赔偿），且公司未在3年内主张权利，可能丧失追偿权；但若对方自愿还款，不受时效限制。
     
   • 证据保留：无论哪种情况，均需保留签单原始文件、沟通记录、赔偿凭证、还款协议等证据，以备后续争议。

建议行动步骤：

1. 立即核查签单性质（职务行为/个人行为）、公司是否已承担责任及对方还款原因；
   
2. 根据核查结果，决定款项归属（公司/员工），并签订书面协议明确权利义务；
   
3. 若涉及内部追偿，按公司制度处理，并留存员工过失证据；
   
4. 咨询专业律师审核协议条款，确保合规性。
   

如有进一步细节（如签单金额、员工权限、对方还款原因等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的建议。