结论：在租赁京牌合同被主张无效的情况下，是否应扣除车牌使用费，需根据合同无效的原因、双方过错程度以及实际使用情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效的法律后果
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
分析：在租赁京牌合同无效的情况下，车牌使用费作为因合同取得的财产，原则上应当予以返还。但若车牌已经实际使用，且无法返还或没有必要返还，则可能需要根据实际情况进行折价补偿。
二、合同无效的原因及过错程度
若合同因违反法律法规强制性规定而无效：
- 例如，租赁京牌行为本身违反了北京市关于车牌管理的相关规定，导致合同无效。
- 分析：在此情况下，双方均有过错，因为双方均明知或应知租赁京牌行为可能违反法律法规。因此，对于车牌使用费的返还或折价补偿，可能需要根据双方的过错程度进行分担。若一方过错较大，可能需承担更多责任。
若合同因一方欺诈、胁迫等手段订立而无效：
- 例如，一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立租赁京牌合同。
- 分析：在此情况下，欺诈方应承担全部责任，包括返还车牌使用费及赔偿对方因此受到的损失。若车牌已实际使用，欺诈方还需根据实际情况进行折价补偿。
三、车牌实际使用情况
车牌已实际使用：
- 若车牌在合同有效期内已被实际使用，且无法返还或没有必要返还，则可能需要根据实际使用情况进行折价补偿。
- 分析：折价补偿的金额应综合考虑车牌的使用时间、使用方式、市场价值等因素。若双方无法就折价补偿金额达成一致，可请求法院或仲裁机构进行裁决。
车牌未实际使用：
- 若车牌在合同有效期内未被实际使用，则应全额返还车牌使用费。
- 分析：在此情况下，因车牌未实际使用，不存在折价补偿的问题。双方应直接按照合同无效的法律后果进行处理，即返还因合同取得的财产。
四、建议与风险提示
建议：
- 在租赁京牌合同被主张无效的情况下，双方应首先协商解决车牌使用费的返还或折价补偿问题。
- 若协商不成，可请求法院或仲裁机构进行裁决。在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分证据证明自己的主张，以便法院或仲裁机构作出公正裁决。
风险提示：
- 租赁京牌行为本身存在法律风险，可能导致合同无效及相应法律责任。因此，在签订租赁京牌合同时，双方应谨慎考虑并咨询专业律师意见。
- 若合同被认定无效，双方可能面临车牌使用费返还、赔偿损失等法律责任。因此，在签订合同时，双方应明确约定合同无效后的处理方式及责任承担方式。
总结：在租赁京牌合同被主张无效的情况下，是否应扣除车牌使用费需根据合同无效的原因、双方过错程度以及实际使用情况等多方面因素综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。