针对国企改制中自然人出资不足且已过十年的情况，追讨出资需结合法律时效、出资协议条款及改制程序合法性综合判断，具体路径如下：

1. 时效抗辩的突破：诉讼时效可能未完全失效

根据《民法典》第188条，诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。但若存在以下情形，可主张时效中断或重新起算：

• 持续催告记录：若公司或股东会曾通过书面函件、会议纪要等方式持续催告补足出资，且能提供邮寄凭证、签收记录等证据，时效可自最后一次催告之日起重新计算3年。
• 改制程序瑕疵：若改制时未依法履行资产评估、职工安置等程序，导致出资不足问题被隐瞒，权利人可主张“不知情”，时效可能自发现瑕疵之日起算。
• 刑事追责路径：若出资不足行为涉嫌虚假出资罪（《刑法》第159条），刑事追诉时效为10年（法定最高刑5年以上不满10年），可通过报案启动刑事程序，间接推动民事追偿。

2. 出资协议的效力审查：合同条款是核心依据

需重点审查改制时签署的《出资协议》或《公司章程》：

• 明确违约责任条款：若协议约定“出资不足需补足并支付违约金”，可直接依据合同起诉要求履行；
• 未约定违约责任：仍可依据《公司法》第28条，要求股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿部分承担补充赔偿责任。
• 协议无效情形：若改制程序存在重大违法（如未经国资委审批、未评估国有资产），协议可能被认定无效，需通过返还财产、折价补偿等方式追讨。

3. 改制程序合法性：行政与司法双重救济

• 行政投诉：向国资监管部门举报改制违规，要求撤销改制批复或责令补足出资（需提供评估报告、审批文件等证据）；
• 司法确认程序：通过行政诉讼起诉国资监管部门不作为，或通过民事诉讼确认改制无效（需证明改制严重损害国家利益或职工权益）。

4. 执行难点与突破策略

• 股东财产转移：若自然人股东已将资产转移至配偶、子女名下，可申请法院撤销恶意转移行为（《民法典》第538条）；
• 公司清算程序：若公司已注销，可起诉清算组成员（如董事、控股股东）承担赔偿责任（《公司法司法解释二》第18条）；
• 破产程序优先权：若公司进入破产，出资不足债务属于劣后债权，但可主张管理人追缴后按比例受偿。

行动建议：

1. 立即收集改制文件、出资协议、催告记录等证据；
   
2. 委托律师向股东发送《律师函》明确补足出资要求并固定证据；
   
3. 同步启动行政投诉与民事诉讼，形成双重压力；
   
4. 若涉及金额重大，考虑刑事报案以增强追偿力度。
   

注：具体方案需结合改制时间、协议条款、证据完整性等细节设计，建议携带全部材料面谈分析。