在破产程序中，若发现6名自然人股东与公司严重人格混同，一般应由破产管理人作为诉讼主体提起诉讼。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼主体的确定依据
破产管理人的职责：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产管理人负责管理和处分债务人的财产，代表债务人参加诉讼、仲裁或者其他法律程序。在发现股东与公司存在人格混同，损害债权人利益的情况下，破产管理人有职责代表债务人（即公司）提起诉讼，以维护债权人的合法权益。
人格混同的法律后果：
- 人格混同是指股东与公司之间在财产、业务、人员等方面存在高度混同，导致公司失去独立法人地位，股东对公司债务承担连带责任。在破产程序中，若发现股东与公司人格混同，破产管理人应依法追究股东的责任，以增加破产财产，保障债权人的利益。
二、诉讼的具体操作
收集证据：
- 破产管理人应首先收集股东与公司人格混同的相关证据，如财务账目、业务合同、人员任职情况等，以证明股东与公司之间存在高度混同的事实。
提起诉讼：
- 在收集到充分证据后，破产管理人应代表债务人（公司）向法院提起诉讼，请求法院认定股东与公司人格混同，并判决股东对公司债务承担连带责任。
参与诉讼过程：
- 破产管理人应积极参与诉讼过程，包括出庭陈述、举证、质证等，以维护债权人的合法权益。
三、特殊情况下的诉讼主体
若破产管理人未履行职责：
- 在某些情况下，若破产管理人未依法履行职责，未代表债务人提起诉讼，债权人可以依法向法院申请更换破产管理人，或者由债权人会议决议委托其他债权人或专业人士代表债务人提起诉讼。但这种情况较为特殊，且需符合相关法律规定。
股东主动提起诉讼：
- 在极少数情况下，若股东主动承认与公司人格混同，并愿意对公司债务承担连带责任，且该行为有利于破产程序的顺利进行和债权人利益的保障，那么股东也可以作为诉讼主体（但实际上是作为被告）参与诉讼。然而，这种情况并不常见，且需法院根据具体情况进行判断。
四、法律建议
及时咨询专业律师：
- 在破产程序中，涉及股东与公司人格混同的问题较为复杂，建议破产管理人及时咨询专业律师，以确保诉讼的合法性和有效性。
加强证据收集与保全：
- 破产管理人应加强与相关部门的沟通协调，及时收集和保全股东与公司人格混同的相关证据，为诉讼提供有力支持。
关注诉讼进展与结果：
- 破产管理人应密切关注诉讼的进展和结果，及时根据法院判决采取相应措施，以保障债权人的合法权益。
若你在破产程序或公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。