在破产程序中，自然人股东与企业人格混同的情况下，法院一般不能将股东应承担的责任直接纳入债务人财产范围。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法人人格独立原则：

   • 公司作为独立的法人实体，拥有独立的财产和人格，与股东的个人财产和人格是分离的。这是公司法的基本原则之一，即法人人格独立原则。
   • 在破产程序中，法院主要关注的是公司的财产状况，而不是股东的财产状况。因此，股东的个人责任通常不会被直接纳入公司的债务人财产范围。

2. 人格混同的认定与后果：

   • 人格混同是指股东与公司之间在财产、业务、人员等方面存在高度混同，导致公司失去独立性，股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任。
   • 如果法院认定存在人格混同，可能会要求股东对公司债务承担连带责任。但这并不意味着股东的责任会直接纳入公司的债务人财产范围，而是股东需要另行承担相应的赔偿责任。

3. 破产程序中的债务清偿：

   • 在破产程序中，公司的债务将通过破产财产进行清偿。破产财产包括公司在破产宣告时拥有的全部财产以及破产宣告后至破产程序终结前取得的财产。
   • 股东的个人财产不属于公司的破产财产，除非存在特定的法律情形（如股东未履行出资义务等），否则不会被纳入破产程序中进行清偿。

4. 法律建议：

   • 对于自然人股东来说，应确保与公司之间保持清晰的财产和业务界限，避免人格混同的风险。
   • 如果公司面临破产风险，股东应咨询专业律师，了解自身可能承担的法律责任，并采取相应的应对措施。

综上所述，在破产程序中，自然人股东与企业人格混同的情况下，法院一般不能将股东应承担的责任直接纳入债务人财产范围。但股东应警惕人格混同的风险，并咨询专业律师以获取针对性的法律建议。