在刑事案件的处理流程中，当检察院将案件退回公安机关进行补充侦查两次后，会根据案件的具体情况和证据的充足程度来作出相应的决定。以下是对这一过程的详细解释：
一、退回补充侦查的法律依据与原则
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查案件时，如果发现证据不足、事实不清或存在其他需要进一步侦查的情况，可以要求公安机关进行补充侦查。补充侦查以二次为限，这是为了确保案件处理的效率和公正性，避免案件长时间悬而未决。
二、两次退回补充侦查后的处理方式
证据确实、充分，符合起诉条件：
- 如果经过两次补充侦查后，公安机关能够提供完整、充分的证据，证明犯罪嫌疑人的罪行，那么检察院将依法向人民法院提起公诉，案件将进入正常的审判阶段。
证据不足，不符合起诉条件：
- 如果经过两次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，无法证明犯罪嫌疑人的罪行，那么检察院将作出不起诉决定，即“存疑不起诉”。此时，犯罪嫌疑人将被释放或解除强制措施，案件将不再继续追究刑事责任。
三、补充侦查过程中的具体操作与重要性
- 具体操作：公安机关在接到检察院的补充侦查意见后，需要按照意见进行进一步调查取证，完善证据链。这可能包括重新收集证据、询问证人、勘验现场等。
- 重要性：补充侦查是确保案件质量的关键环节。它不仅有助于检察院更全面地了解案件事实，还能确保案件的公正处理。同时，这也是检察机关对公安机关侦查工作的监督和指导，有助于提高公安机关的侦查水平。
四、其他可能的情况与应对
- 变更强制措施：在案件被退回补充侦查期间，如果检察机关认为对犯罪嫌疑人的强制措施不当，可以建议公安机关变更强制措施，以保障犯罪嫌疑人的合法权益。
- 继续侦查：在某些特殊情况下，检察机关可能认为案件仍有进一步侦查的必要，可以直接要求公安机关继续侦查，并指定具体的侦查方向和重点。
五、对犯罪嫌疑人及其家属的建议
在整个过程中，犯罪嫌疑人及其家属应保持冷静和理性，积极配合调查取证工作。同时，他们也有权了解案件的进展情况，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
综上所述，刑事案件被检察院退回两次补充侦查后，其处理方式和结果取决于案件的具体情况和证据的充足程度。各方应依法行事，共同推动案件的公正处理。