男朋友写的补偿协议是否可以公证以及是否有效，需分情况讨论：
协议内容合法且不违背公序良俗：
- 公证可能性：若补偿协议的内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，那么该协议是可以进行公证的。公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。因此，在协议内容合法的前提下，公证机构可以对其进行公证。
- 法律效力：经过公证的补偿协议，其法律效力会得到增强。在发生争议时，公证文书可以作为证据使用，且其证明力通常高于其他证据。然而，即使没有公证，只要协议内容合法且双方自愿签署，该协议仍然具有法律效力。
协议内容违法或违背公序良俗：
- 公证可能性：若补偿协议的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗（如涉及非法交易、侵犯他人权益等），那么该协议是无法进行公证的。公证机构在受理公证申请时，会对协议内容进行审查，若发现违法或违背公序良俗的情况，会拒绝公证。
- 法律效力：即使双方签署了此类协议，该协议也是无效的。根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为也无效。因此，此类协议无法得到法律的保护。
额外建议：
- 在签署任何协议之前，建议双方充分沟通并明确协议内容，确保协议内容合法且不违背公序良俗。
- 若对协议的法律效力或公证流程存在疑问，可以咨询专业律师或公证机构，以获取更准确的法律意见和指导。
- 特别是涉及财产分割、子女抚养等敏感问题的协议，更应谨慎对待，确保双方权益得到妥善保障。
总结来说，男朋友写的补偿协议在内容合法且不违背公序良俗的前提下，是可以进行公证的，且具有法律效力。若协议内容违法或违背公序良俗，则无法进行公证且无效。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以确保双方权益得到妥善保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。