底层施工队承包工程后，在符合一定条件下可以向甲方主张工程款。具体分析如下：
- 合同关系明确时
若底层施工队与甲方直接签订了书面或口头承包合同，且合同内容合法有效（如不违反《建筑法》关于施工资质的强制性规定），则施工队有权依据合同约定要求甲方支付工程款。此时需注意：
- 若施工队具备相应资质，合同效力不受影响，可直接主张权利；
- 若施工队无资质但工程已竣工验收合格，根据《民法典》第七百九十三条及司法解释，仍可参照合同约定折价补偿，但需以工程验收合格为前提。
- 合同关系不明确时
若施工队未与甲方直接签约，而是通过转包、分包或挂靠形式参与施工，则需分情况处理：
- 合法分包：若施工队从总承包方合法分包工程（需经甲方同意且分包方具备资质），可向总承包方主张权利，但能否直接要求甲方付款需看合同相对性原则；
- 违法转包/挂靠：若施工队通过违法转包或挂靠形式施工，合同可能被认定无效，但工程经验收合格的，仍可依据《民法典》及司法解释要求实际受益方（如甲方）支付工程款，但需承担合同无效的过错责任。
- 关键证据要求
无论何种情况，施工队主张权利均需提供充分证据，包括：
- 合同文件（书面或录音、聊天记录等）；
- 施工过程证据（如施工日志、材料采购单、工人考勤表）；
- 验收合格证明（如竣工验收报告、甲方签字确认的结算单）；
- 付款记录（如已支付部分款项的凭证）。
建议行动步骤：
- 梳理与甲方的合同关系及证据链；
- 确认工程是否已验收合格；
- 若协商无果，可向当地建设主管部门投诉或直接向法院起诉，主张工程款及逾期利息。
如有具体合同或证据材料，可进一步向我提供细节，以便更精准分析。