在未实际查获烟草专用机械设备的情况下，仍然有可能认定犯罪，但需结合其他证据综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定的角度
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，生产、销售伪劣产品罪，非法经营罪等与烟草相关的犯罪，其构成要件并不完全依赖于是否实际查获了烟草专用机械设备。例如，在非法经营罪中，只要行为人实施了未经许可经营专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的行为，即可构成犯罪。这里的“经营”行为，并不以实际查获相关设备为必要条件。
二、证据认定的角度
间接证据链：即使未直接查获烟草专用机械设备，但如果存在其他间接证据，如销售记录、物流信息、资金往来记录、证人证言等，这些证据能够形成完整的证据链，证明行为人确实实施了与烟草相关的犯罪行为，那么仍然可以认定犯罪。
推定证据：在某些情况下，法律允许根据已知事实推定未知事实。例如，如果行为人长期从事烟草制品的生产、销售活动，且无法提供合法来源或经营许可，同时在其经营场所或相关地点发现了与烟草制品生产、销售相关的其他物品（如烟草原料、包装材料等），那么即使未直接查获烟草专用机械设备，也可以根据这些情况推定其存在非法生产、销售烟草制品的行为。
三、实践操作的角度
侦查策略：在侦查阶段，警方可能会采取多种侦查手段，如秘密侦查、技术侦查等，以获取与犯罪行为相关的证据。这些手段可能并不直接针对烟草专用机械设备，但能够收集到其他关键证据，为后续的犯罪认定提供有力支持。
司法审查：在司法审查阶段，法院会综合考虑所有证据，包括直接证据和间接证据，以及证据之间的关联性、合法性等，以判断行为人是否构成犯罪。因此，即使未直接查获烟草专用机械设备，只要其他证据充分、确凿，法院仍然可以认定犯罪。
四、特殊情况说明
如果行为人确实未实施任何与烟草相关的犯罪行为，或者虽然实施了相关行为但情节显著轻微、危害不大，不构成犯罪的，那么即使存在某些与烟草相关的物品或信息，也不能认定其构成犯罪。此外，如果证据不足或存在合理怀疑，根据“疑罪从无”的原则，也不能认定行为人构成犯罪。
总结与建议：未实际查获烟草专用机械设备并不意味着无法认定犯罪。在司法实践中，法院会综合考虑所有证据，包括直接证据和间接证据，以及证据之间的关联性、合法性等，以判断行为人是否构成犯罪。因此，如果您或您身边的人涉及此类案件，建议及时向我咨询，以便更准确地了解案件情况并制定相应的法律策略。