结论：
- 原则上，退休两年的甲方代表无权再对以前的施工变更进行签认，因其已不具备代表甲方履行职务的合法身份。
- 若需处理历史变更签认问题，建议通过以下方式妥善解决：由甲方现任授权代表重新审核确认，或通过补充协议、会议纪要等合法形式固定变更内容，避免因签认主体不合法引发纠纷。
详细分析：
一、退休甲方代表的签认行为是否有效？
根据《民法典》第161条、第162条，民事主体通过代理人实施民事法律行为时，代理人需在代理权限内、以被代理人名义实施行为，且代理行为对被代理人发生效力。退休甲方代表已终止与甲方的劳动关系，其原职务权限随之消灭，无权再以甲方名义签认施工变更。若其擅自签认，可能构成无权代理，需经甲方追认后方可生效，否则对甲方不产生约束力。
例外情形：若退休后被甲方返聘或重新授权处理历史遗留问题，且签认行为在授权范围内，则签认有效。但需注意，返聘或授权需有书面文件（如返聘协议、授权委托书）明确权限范围，否则仍可能因权限瑕疵导致签认无效。
二、如何妥善处理历史施工变更签认问题？
为避免因签认主体不合法引发纠纷，建议采取以下措施：
由甲方现任授权代表重新审核确认：
- 甲方应指定现任项目负责人或授权代表，对历史变更文件进行实质性审查（如变更内容是否符合合同约定、是否已实际履行等）。
- 审查通过后，由现任代表签署确认文件，并加盖甲方公章或项目专用章，确保签认主体合法、形式完备。
通过补充协议或会议纪要固定变更内容：
- 若变更内容复杂或涉及多方利益，可由甲、乙双方签订补充协议，明确变更范围、价款调整、工期顺延等核心条款。
- 若变更已实际履行但未签认，可通过会议纪要形式，由甲、乙双方及监理单位共同确认变更事实，作为结算依据。
留存变更实施的客观证据：
- 无论是否签认，均需保存变更实施的证据（如施工记录、材料采购单、验收报告等），以证明变更已实际发生。
- 若因甲方原因导致签认延误，可依据《民法典》第180条主张不可抗力或甲方过错，要求免除或减轻己方责任。
三、风险提示与建议
对施工方（乙方）的风险：
- 若变更未及时签认，可能面临甲方否认变更、拒付工程款的风险。建议乙方在变更实施前书面通知甲方，并要求甲方限期回复，逾期未回复视为认可变更。
- 若甲方拒绝签认，乙方可依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第20条，以实际履行行为主张变更价款，但需承担举证责任。
对建设方（甲方）的风险：
- 若退休代表擅自签认变更，可能因无权代理导致甲方承担不利后果。建议甲方加强内部管理，明确退休人员权限范围，并及时收回公章、项目资料等。
- 若变更涉及重大利益（如价款增加超合同约定比例），建议甲方按内部审批流程（如董事会决议、上级单位批复）完成决策后再签认。
总结：退休甲方代表无权签认历史变更，但可通过现任代表确认、补充协议或会议纪要等方式合法固定变更内容。双方均需留存证据，避免因签认瑕疵引发纠纷。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。