串通投标行为若已过追诉时效且案件被撤销，纪委的处理方式需结合具体情形，通常包括以下两种路径：

1. 若案件撤销基于证据不足或程序瑕疵，但纪委仍掌握违纪线索
   根据《中国共产党纪律处分条例》第三十三条，违纪行为超过追诉时效的，原则上不再给予党纪处分，但若存在“应当给予留党察看以下处分”且“有继续危害后果”的特殊情形，纪委可突破时效限制。实践中，若纪委认为串通投标行为虽过追诉时效，但存在持续损害公共利益（如项目质量隐患、国有资产流失等），可能通过以下方式处理：

   • 启动问责程序：依据《中国共产党问责条例》，对涉事党员干部进行问责，问责不受追诉时效限制，重点追究其政治责任、领导责任或直接责任；
     
   • 移送监察建议：向涉事单位或主管部门发出监察建议书，要求其完善招投标制度、加强监管，防止类似问题再次发生；
     
   • 通报曝光：对典型案例进行内部通报或公开曝光，形成震慑效应，即使不处分个人，也可通过组织处理（如诫勉谈话、批评教育）强化纪律约束。

2. 若案件撤销因行为已过追诉时效且无继续危害后果
   根据《刑法》第八十七条及《行政处罚法》第三十六条，刑事追诉时效与行政处罚时效均遵循“从旧兼从轻”原则，若串通投标行为同时构成犯罪和行政违法，且均已过时效，纪委通常不再直接处分，但可能采取以下措施：

   • 组织处理：依据《中国共产党组织处理规定（试行）》，对涉事党员干部进行岗位调整、免职、降职等组织处理，此类措施不受时效限制；
     
   • 廉政谈话：通过廉政谈话提醒涉事人员严格遵守纪律，防止类似行为再次发生；
     
   • 纳入廉政档案：将涉事行为记录在个人廉政档案中，作为后续考核、任免的参考依据，形成长期约束。

关键点说明：

• 纪委处理需区分“违纪”与“违法”的时效规则。违纪行为适用《中国共产党纪律处分条例》，违法行为适用《刑法》《行政处罚法》，时效计算标准可能不同；
  
• 即使案件撤销，纪委仍可通过非处分性措施（如问责、建议、通报）实现监督执纪目的，此类措施不依赖追诉时效；
  
• 实践中，纪委需综合评估行为性质、后果及社会影响，平衡“法不溯及既往”与“持续危害防范”的关系，确保处理结果合法合规且具有公信力。
  

如有具体案件细节（如行为时间、金额、后果等），可进一步分析时效计算及处理可能性。