非法经营罪涉案金额5万元，在公安阶段一般不能直接撤案，但存在特定情形时可能撤案。以下从不同角度进行分析：
一、非法经营罪的立案标准与撤案条件
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，非法经营罪是指违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。对于非法经营罪的立案标准，通常涉及经营数额、违法所得数额、经营数量等关键指标。而撤案，则通常发生在案件不符合立案条件、证据不足或存在其他法定撤案情形时。
立案标准：非法经营罪的立案标准因具体经营行为而异。例如，对于非法经营烟草专卖品，个人非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上的，应当立案追诉。对于其他非法经营行为，也有相应的数额或数量标准。
撤案条件：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。这通常包括犯罪嫌疑人死亡、情节显著轻微危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、告诉才处理的案件没有告诉或撤回告诉，以及犯罪嫌疑人、被告人死亡等情形。
二、涉案金额5万元对撤案的影响
一般情况：在非法经营罪中，涉案金额5万元通常已经达到或超过了一些具体经营行为的立案标准。因此，在一般情况下，仅凭涉案金额5万元这一因素，并不能直接导致案件在公安阶段撤案。
特定情形：然而，如果案件存在其他法定撤案情形，如犯罪嫌疑人死亡、情节显著轻微危害不大不认为是犯罪等，那么即使涉案金额达到立案标准，案件也可能被撤销。此外，如果证据不足或存在其他无法继续侦查的情形，公安机关也可能考虑撤案。但这种情况需要严格的法律程序和证据审查。
三、实际操作中的考量因素
证据收集与审查：在公安阶段，公安机关会积极收集证据以支持或反驳犯罪嫌疑人的指控。如果证据不足或存在矛盾，公安机关可能会继续侦查或考虑撤案。但撤案并非轻易决定，需要严格的法律程序和内部审批。
犯罪嫌疑人的态度与行为：犯罪嫌疑人的认罪态度、是否积极配合调查、是否退赃退赔等因素也可能影响案件的走向。然而，这些因素通常不会直接导致撤案，而是可能作为量刑时的考虑因素。
社会影响与公共利益：在处理非法经营罪案件时，公安机关还会考虑案件的社会影响和公共利益。如果案件涉及重大公共利益或社会关注度高，公安机关可能会更加谨慎地处理撤案问题。
建议：如果您或您身边的人涉嫌非法经营罪且涉案金额为5万元，建议积极配合公安机关的调查工作，并寻求专业律师的帮助。律师可以根据案件的具体情况，为您提供法律咨询、辩护策略等方面的支持。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。