结论：在房产拆迁协议上有已故母亲的名字，且法院判决书已判给儿子的情况下，儿子可以通过以下步骤将房产过户到自己名下：首先，需办理继承公证或取得法院生效的裁判文书以确认继承权；其次，准备相关材料并前往不动产登记机构申请过户登记。

详细分析：

1. 确认继承权：

   • 继承公证：儿子可以前往公证处办理继承公证，证明自己是已故母亲的合法继承人，并有权继承该房产。公证处会依据相关法律法规和证据材料出具继承权公证书。
   • 法院裁判文书：既然法院已经出具判决书，确认房产归儿子所有，那么这份判决书就是确认继承权的有力法律文件。儿子无需再办理继承公证，但需确保判决书已经生效。

2. 准备过户材料：

   • 继承权公证书或法院裁判文书：作为确认继承权的法律文件，是过户登记的必要材料。
   • 房产证：原房产证上可能仍登记有已故母亲的名字，需作为过户登记的原始凭证。
   • 身份证明：儿子的身份证或其他有效身份证明文件。
   • 其他可能需要的材料：根据当地不动产登记机构的要求，可能还需要提供其他相关材料，如死亡证明、亲属关系证明等。

3. 申请过户登记：

   • 儿子需携带上述材料前往当地不动产登记机构（如房地产交易中心或不动产登记局）申请过户登记。
   • 填写过户登记申请表，并提交所有相关材料。
   • 不动产登记机构会对提交的材料进行审核，确认无误后，会办理过户登记手续，将房产过户到儿子名下。

特殊情况考虑：

• 如果房产拆迁协议中除了已故母亲外，还有其他共有人（如父亲或其他子女），且这些共有人对房产的继承有异议或要求分割，那么儿子在办理过户登记前，需要与这些共有人进行协商，达成一致意见后，再共同申请过户登记。
• 如果房产存在抵押、查封等限制转让的情况，儿子需先解除这些限制，才能办理过户登记。

法律建议：

• 在办理过户登记前，儿子应仔细核对所有相关材料，确保材料的真实性和完整性。
• 如果对过户登记流程或所需材料有疑问，可以咨询当地不动产登记机构或专业律师，以获取准确的指导和帮助。

后续行动：

• 儿子在成功办理过户登记后，应妥善保管新的房产证，并依法履行相关税费缴纳等义务。
• 如果在过户过程中遇到任何问题或纠纷，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。