医疗机构许可证逾期未办理延续手续的，会被注销，但具体需结合地方规定及逾期原因综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 法律层面的直接规定
   根据《医疗机构管理条例》第二十二条，医疗机构执业许可证有效期届满未延续的，登记机关（通常为卫健委）应依法注销其执业许可。这是全国性法规的明确要求，属于法定注销情形之一。

2. 地方性规定的补充规则
   部分省份在《医疗机构管理条例实施细则》中进一步细化：

• 逾期宽限期：如广东省规定，许可证到期前30日需申请延续，逾期未申请的，登记机关会发出《责令限期补办通知书》，给予1-3个月补办期，逾期仍不补办的才注销；
  
• 特殊情形豁免：因不可抗力（如自然灾害、疫情）导致逾期的，可凭证明材料申请延期补办，不直接注销。

1. 逾期后的补救措施
   若许可证已逾期但未被注销，医疗机构应立即：
   

• 停止执业活动：逾期期间继续诊疗属非法行医，可能面临罚款、没收违法所得等处罚；
  
• 申请补办延续：需提交原许可证、延续申请表、近3年执业情况报告等材料，部分地区要求同时提交消防、环保等部门出具的合格证明；
  
• 配合行政调查：若登记机关已启动注销程序，医疗机构可申请听证，陈述未及时延续的合理理由（如系统故障、邮寄延误等）。

建议：若您的医疗机构许可证即将到期，建议提前3个月启动延续流程，避免因材料不全或审批延迟导致逾期。如已逾期，请立即联系当地卫健委确认是否进入注销程序，并同步准备补办材料。如有复杂情况（如涉及纠纷、改制等），可直接向我咨询具体应对方案。