结论前置：扣除教师工资以发放超工作量报酬是否合理，需根据具体情况判断，主要依据是劳动合同、学校规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
劳动合同与规章制度的角度
- 劳动合同约定：如果教师与学校签订的劳动合同中明确规定了超工作量报酬的发放方式，包括是否从教师工资中扣除部分作为超工作量报酬的来源，那么学校按照合同约定执行是合理的。但前提是合同内容必须合法、合规，且教师是在自愿、平等的基础上签订的。
- 学校规章制度：学校作为用人单位，有权制定内部规章制度来管理教师的工作和薪酬。如果学校的规章制度中明确规定了超工作量报酬的发放办法，并且该制度已经过民主程序制定、公示或告知教师，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么学校按照规章制度执行也是合理的。
法律法规的角度
- 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。如果学校扣除教师工资作为超工作量报酬的发放，且这种扣除行为导致教师工资低于当地最低工资标准或合同约定的工资标准，那么这种行为就是违法的。
- 超工作量报酬的合法性：超工作量报酬本身是对教师超出正常工作量部分的补偿，其发放应当合法、合规。如果学校通过扣除教师工资的方式来发放超工作量报酬，且这种扣除行为没有法律依据或合同依据，那么这种行为就是不合法的。
实际操作与合理性判断
- 合理性考量：即使劳动合同或学校规章制度中规定了扣除工资发放超工作量报酬的方式，也需要考虑这种方式的合理性。例如，扣除的比例是否过高、是否影响了教师的正常生活水平、是否经过了教师的同意等。如果扣除比例过高或未经教师同意，那么这种行为可能被视为不合理。
- 替代方案：学校可以考虑其他更合理的发放超工作量报酬的方式，如设立专项奖金、提供额外的福利待遇等，而不是直接从教师工资中扣除。
法律建议：
- 如果教师认为学校扣除工资发放超工作量报酬的行为不合理或违法，可以先与学校进行协商，要求学校提供合理的解释和依据。
- 如果协商无果，教师可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，教师应当保留好相关证据，如劳动合同、学校规章制度、工资条等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果学校的行为被认定为违法或不合理，那么学校可能需要承担相应的法律责任，如补发工资、支付赔偿金等。
- 同时，这种行为也可能影响学校的声誉和教师的积极性，对学校的长期发展不利。
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