结论前置：备案后的企业连续两年失联，行政机关在符合法定程序和条件的情况下，是可以取消其备案的。不过，具体能否取消备案还需依据相关法律法规及备案的具体规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规依据
行政许可法相关规定：
- 根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关对于已经作出的行政许可，如果发现其存在法定撤销情形，如行政许可依法被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销的，行政机关应当依法办理有关行政许可的注销手续。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“失联”作为撤销或注销的直接原因，但失联可能构成行政机关认为企业不再符合备案条件或存在其他违法行为的情形，从而触发注销程序。
备案管理具体规定：
- 备案的具体管理规定可能因行业、地区或备案类型而异。一些备案管理规定可能明确规定了企业失联达到一定期限后，行政机关有权取消其备案。例如，某些行业或地区的备案管理办法中可能包含类似“企业连续一定期限未履行备案义务或无法联系的，备案机关有权注销其备案”的条款。
二、行政机关的权力与程序
调查核实：
- 在决定取消备案前，行政机关通常需要进行调查核实，确认企业确实存在失联情况，并且这种失联是持续的、无法通过正常途径联系的。这可能包括通过邮寄、电话、电子邮件等多种方式尝试联系企业，并记录联系过程。
告知与听证：
- 如果行政机关拟取消企业的备案，通常应当告知企业拟作出的决定及其理由，并给予企业陈述、申辩的机会。在某些情况下，行政机关还可能根据企业的申请或法律规定举行听证会，以进一步听取企业的意见。
作出决定与送达：
- 在完成调查核实、告知与听证等程序后，行政机关将根据调查结果和法律规定作出是否取消备案的决定。决定作出后，行政机关应当将决定书送达企业，并告知其救济途径和期限。
三、企业失联的可能后果
备案取消：
- 如前所述，如果企业连续两年失联且符合相关法律法规及备案管理规定中的取消备案条件，行政机关将有权取消其备案。这将导致企业失去备案所带来的相关权益和便利。
其他法律责任：
- 除了取消备案外，企业还可能因失联而面临其他法律责任。例如，如果企业因失联而未能履行其法定义务或合同义务，可能构成违约或违法行为，从而需要承担相应的民事责任或行政责任。
四、建议与注意事项
企业应保持联系畅通：
- 为了避免因失联而面临取消备案等不利后果，企业应确保其联系方式的准确性和畅通性，并及时更新备案信息中的联系方式。
及时履行备案义务：
- 企业应按照相关法律法规及备案管理规定的要求，及时履行备案义务，并配合行政机关的监督检查工作。
寻求法律帮助：
- 如果企业因失联而面临取消备案等法律问题，建议及时咨询专业律师或法律机构，以了解其法律权益和义务，并寻求合适的法律解决方案。
封建国律师提醒：备案后的企业连续两年失联是一个复杂的问题，涉及多个方面的法律法规和程序要求。如果您或您的企业面临类似情况，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。