在政府采购合同履行中，若最终工程结算单与原合同存在部分差异，是否需要签署补充协议，这主要取决于差异的性质、合同条款的约定以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，应仔细审查原政府采购合同的条款，特别是关于工程变更、结算调整以及补充协议签署的相关规定。如果合同中明确规定了工程结算单与原合同存在差异时需要签署补充协议，那么双方应当遵循合同约定，及时签署补充协议以明确双方的权利和义务。
   • 如果合同中没有明确规定，但双方有惯例或交易习惯，且该惯例或交易习惯不违反法律法规的强制性规定，也可以参照执行。

2. 差异的性质和影响：

   • 差异的性质是决定是否需要签署补充协议的关键因素之一。如果差异是由于设计变更、工程量增减、材料价格变动等合理原因导致的，且这些变更对工程的整体质量、进度和造价产生了实质性影响，那么签署补充协议是必要的，以确保双方对变更后的工程内容和造价有明确的约定。
   • 如果差异是由于计算错误、笔误等非实质性原因导致的，且对工程的整体质量、进度和造价没有实质性影响，那么双方可以通过协商一致的方式，以书面形式对差异进行确认，而不一定需要签署补充协议。但为了确保双方权益，建议还是以书面形式进行确认。

3. 法律法规的规定：

   • 根据《中华人民共和国政府采购法》及相关法律法规的规定，政府采购合同应当遵循公平、公正、公开的原则，并确保合同内容的合法性和合规性。如果工程结算单与原合同的差异涉及到法律法规的强制性规定，如工程质量标准、安全规范等，那么双方必须签署补充协议以符合法律法规的要求。
   • 此外，如果差异导致合同价款发生较大变化，可能还需要按照相关规定进行审批或备案等程序。

4. 实际操作建议：

   • 在实际操作中，建议双方在发现工程结算单与原合同存在差异时，及时沟通并协商解决方案。如果双方认为需要签署补充协议，应当明确补充协议的内容、签署时间和生效条件等条款，以确保补充协议的合法性和有效性。
   • 同时，双方还应当注意保留好相关证据和资料，如变更通知、工程量清单、材料价格证明等，以备在后续可能出现的争议中作为证据使用。

综上所述，政府采购合同履行中最终工程结算单与原合同有部分差异时，是否需要签署补充协议取决于合同条款的约定、差异的性质和影响以及法律法规的规定。为了确保双方权益和合同的合法性、合规性，建议双方在发现差异时及时沟通并协商解决方案，必要时签署补充协议。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。