如果交通肇事罪检察院不起诉，最终一般由公安机关来作出撤案处理，从而结案。以下从不同角度为你详细分析：

检察院不起诉的类型及后续处理

1. 法定不起诉
   • 情形：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。在交通肇事罪中，如果存在上述法定不起诉的情形，比如犯罪情节显著轻微，不构成犯罪，检察院就会作出法定不起诉决定。
   • 后续处理：检察院作出法定不起诉决定后，会将案件退回公安机关，公安机关在收到不起诉决定书后，应当撤销案件。例如，某交通肇事案件中，肇事者虽然造成了交通事故，但情节极其轻微，比如只是轻微刮擦且没有造成人员伤亡，同时肇事者积极赔偿并取得对方谅解，检察院审查后认为不构成犯罪，作出法定不起诉决定，公安机关就会撤销该案件。
2. 酌定不起诉
   • 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事罪中，如果肇事者犯罪情节较轻，比如虽然造成了一定的损害后果，但具有自首、立功、积极赔偿被害人损失并取得谅解等情节，检察院可能会酌情作出不起诉决定。
   • 后续处理：检察院作出酌定不起诉决定后，同样会将案件退回公安机关，公安机关应当撤销案件。比如，某交通肇事案件中，肇事者在事故发生后主动报警，积极救助伤者，并全额赔偿了被害人的损失，取得了被害人的谅解，检察院认为其犯罪情节轻微，作出酌定不起诉决定，公安机关就会对该案件进行撤销处理。
3. 存疑不起诉
   • 情形：经过二次补充侦查，证据仍然不足，不符合起诉条件的，检察院应当作出不起诉的决定。在交通肇事罪中，如果案件经过公安机关的侦查和检察院的两次补充侦查，仍然无法收集到足够的证据证明肇事者构成犯罪，比如无法确定肇事者的主观故意或者无法确定肇事行为与损害后果之间的因果关系等，检察院就会作出存疑不起诉决定。
   • 后续处理：检察院作出存疑不起诉决定后，将案件退回公安机关，公安机关认为需要继续侦查的，可以重新立案侦查；如果认为没有继续侦查的必要，就会撤销案件。例如，某交通肇事案件中，由于事故现场遭到破坏，无法确定肇事车辆的具体信息，经过两次补充侦查后仍然无法收集到足够的证据，检察院作出存疑不起诉决定，公安机关经过评估后认为没有继续侦查的必要，就会撤销该案件。

特殊情况说明

如果交通肇事案件涉及到民事赔偿部分，即使检察院不起诉，当事人仍然可以通过民事诉讼的方式来解决赔偿问题。比如，被害人或者其家属可以向法院提起民事诉讼，要求肇事者承担民事赔偿责任。在这种情况下，虽然刑事案件已经结案，但民事赔偿纠纷仍然需要通过民事诉讼程序来解决。

如果你在交通肇事罪相关案件中遇到任何问题，或者对检察院不起诉后的处理流程有疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。